علی مطهری، نماینده اصولگرای مجلس شورای اسلامی در نامه‌ای خطاب به محمود احمدی‌نژاد، رئیس‌جمهور نوشت که وی افکار آیت‌الله خمینی بنیانگزار جمهوری اسلامی را‌‌ «رها» کرده و به افکار اسفندیار رحیم مشایی، رئیس دفتر رئیس جمهوری «چسبیده» است.
به گزارش خبرگزاری فارس، علی مطهری با بیان اینکه محمود احمد‌ی‌نژاد در زمان انتخابات ۸۴ و ۸۸ «صداقت کافی» به خرج نداده است، افزود: «شما آشکار نکردید که من فردی هستم مرید آقای مشایی و این افکار ویژه را درباره نوروز و مکتب ایران و مسئله حجاب و به طور کلی امور فرهنگی دارم.»
 
در بخشی از این نامه آمده است: «مردم به شما به‏عنوان یک فرد حزب‌اللّهی و حساس نسبت به مسائل فرهنگی و اخلاقی رأی دادند اما امروز حرف‌های روشنفکرانه از جنابعالی می‌شنوند.»
 
علی مطهری از رئیس دولت دهم خواسته است که سیاست‌های فرهنگی دولت را بر اساس اسلام تنظیم کند و «نه بر اساس آرای آقای مشایی»
 
وی با انتقاد از سخنان محمود احمدی‌نژاد درباره برگزاری جشن نوروز آورده است: «اگر امام خمینی و شهید آیتالله مطهری اکنون در قید حیات بودند، جرأت داشتید متن سخنرانی خود را در دومین جشن جهانی نوروز به آن‌ها نشان بدهید؟ و اساساً آیا قبل از این سخنرانی این متن را به رؤیت رهبر گران‏قدر انقلاب اسلامی رساندید؟»
 
رئیس دولت دهم در سخنراني خود در دومين جشن جهاني نوروز  گفته بود: «نوروز فراتر از مرزهاي جغرافيايي، نژادي، زباني و جزء جدايي ناپذيري از فرهنگ الهي و انساني مردمان منطقه ما و بسياري ديگر از مردم جهان است و هرجا كه سفره نوروز پهن است، ارزش‏هاي انساني در اوج است
 
پیش از این نیز در پس سخنان اسفندیار رحیم مشایی درباره مکتب ایران، شماری از چهره‌های اصولگرا اعتراض خود را نسبت به طرح این مسئله عنوان کردند.
 
محمدتقی مصباح یزدی، رئیس مؤسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی نیز امروز در جمع فرماندهان و مسئولان نیروی زمینی، بنیاد تعاون، قرارگاه سازندگی خاتم الانبیاء و هوا فضای سپاه، کسانی که مکتب ایران را به جای مکتب اسلام معرفی می‌کنند، «غیر خودی» دانست و گفت که این افرادی «خودی» نیستند و باید «حواسمان جمع باشد.»
 این عضو مجلس خبرگان رهبری که از طرفداران دولت محمود احمدی‌نژاد است، افزود: «ما با کسی عقد اخوت نبسته‌ایم و هر کس از اسلام کج برود، ردش می‌کنیم.»
 
علی مطهری در بخش دیگری از این نامه از رئیس جمهوری خواسته است که از «ابزار شدن مسئله امام عصر» در دولت خود جلوگیری کند.
 
چندی پیش لوح فشرده‌ای با عنوان «ظهور نزدیک است» در سطح گسترده در ایران پخش شده که از «ظهور» امام دوازدهم شیعیان در چند آینده بسیار نزدیک خبر داده و برخی مقامات جمهوری اسلامی را با افرادی که در بعضی روایات مذهب شیعه از آنان به عنوان افرادی که «مقدمات ظهور» را فراهم می‌کنند، معرفی کرده است.
 
علی مطهری با انتقاد از توزیع وسیع این لوح فشرده و سخنان اسفندیار رحیم مشایی در رابطه با «مدیریت صحیح فرآیند ظهور» از سوی دولت، آورده است: «آقای مشائی باید از ظهور نگران باشد چون با توجه به اینکه ایشان فرهنگ نوروز و مکتب ایران را جایگزین اسلام کرده است، معلوم نیست برخورد امام زمان با وی چگونه باشد.»