سازمان عفوبين‌الملل و سازمان عرصه سوم، با انتشار بيانيه مشترکی نسبت به خطر نابودی سازمان‌های مستقل و غير دولتی جامعه مدنی در ايران هشدار دادند.
اين دو سازمان غير دولتی، از نمايندگان مجلس ايران خواسته‌اند که پيش‌نويس طرح «تأسيس و نظارت بر فعاليت‌های سازمان‌های غيردولتی» را در مجلس به چالش بکشند.
آن‌ها گفته‌اند که بر اساس اين طرح امتياز ثبت همه سازمان‌های غير دولتی فعال در ايران عملأ لغو خواهد شد.
عفو بين‌الملل يک سازمان غير دولتی جهانی است که در راه حقوق بشر فعاليت دارد و عرصه سوم سازمانی غير دولتی و غير انتفاعی است که در سال ۱۳۸۹ در آمستردام هلند با هدف ارتقاء و ترويج صلح، دموکراسی و حقوق بشر تشکيل شده است.
با تصويب طرح مزبور همه سازمان‌های غير دولتی که خواهان ادامه فعاليت و يا آغاز به کارهستند بايد توسط ساختار نظارتی جديدی که اعضای آن وابسته به وزارت اطلاعات و بسيج هستند، تائيد شوند و تصميم‌های اساسی در فعاليت‌های اجرايی همه سازمان‌های غير دولتی توسط اين ساختار جديد گرفته شود.
طرح جديد، قدرت انحلال همه سازمان‌های غير دولتی را به تشکيلات تازه‌ای به نام «هیأت عالی نظارت بر فعاليت‌های سازمان‌های غير دولتی» واگذار می‌کند. رياست اين هیأت بر عهده وزارت کشور است، اعضای آن از قوه قضائيه، وزارت اطلاعات، وزارت امور خارجه، سازمان اوقاف و امور مساجد، و بسيج تشکيل می‌شود و تنها يک نماينده از سازمان‌های مستقل غيردولتی در آن شرکت دارد.
همچنين «هیأت عالی نظارت بر فعاليت‌های سازمان‌های غير دولتی» برهیأت مديران سازمان‌های غير دولتی نظارت دارد و توزيع منابع ميان آن‌ها را در اختيار می‌گيرد.
بر اساس اين طرح هرگونه نظارت و نقد دولت و نهادهای وابسته به آن منع می‌شود و هر سازمان غيردولتی بايد پيش از هر اقدامی برای ارتباط با سازمان‌های بين‌المللی و يا هر نوع مشارکتی در فعاليت‌های بين‌المللی از «هیأت عالی نظارت بر فعاليت‌های سازمان‌های غير دولتی» مجوز دريافت کند.
کليات طرح «تأسيس و نظارت بر فعاليت‌های سازمان‌های غيردولتی» در مجلس ايران تصويب شده و بررسی جزئيات آن به پس از تعطيلات نوروزی موکول شده است.
عفو بين الملل و عرصه سوم در بيانيه خود آورده‌اند که چنين طرحی «ميخ ديگری بر تابوت حق آزادی انجمن و تشکل‌ها در ايران است» و «ناقوس مرگ جامعه مدنی را در ايران به صدا در می‌آورد.»
سازمان‌های مستقل غير دولتی يا «مردم‌نهاد» در ايران از سال‌های ميانی دهه هفتاد خورشيدی تا اواسط دهه هشتاد که دوران «دولت اصلاحات» و نخست‌وزيری محمد خاتمی بود، اگرچه با محدوديت‌هايی همراه بودند اما گسترش کم‌سابقه‌ای يافتند.
پيش از اين «آيين‌نامه تأسيس و فعاليت سازمان‌های غيردولتی» ابتدا در دی‌ماه ۱۳۸۱ به تصويب دولت وقت رسيده بود که بر اساس آن دستگاه‌های حکومتی در تأسيس و اداره آن‌ها دخالتی نداشتند و در هیأت‌های نظارت، نمايندگان سازمان‌های غير دولتی شرکت برجسته‌تری داشتند. اين سازمان‌ها همچنين می‌توانستند با سازمان‌های بين‌المللی ديگر از طريق مجوز وزارت امور خارجه رابطه بگيرند که در مورد سازمان‌های غير دولتی بين‌المللی، صدور چنين مجوزی ضرورت نداشت.
در سال ۱۳۸۲ اين آيين‌نامه دوباره تغيير کرد و در خردادماه سال ۱۳۸۴، در آخرين روزهای دولت محمد خاتمی، آيين‌نامه پيشنهادی وزارتخانه‌های کشور، اطلاعات و امور خارجه و بانک مرکزی، به تصويب رسيد.
در اين مدت سازمان‌ها، انجمن‌ها، کانون‌ها و جمعيت‌های گوناگونی از زنان، کودکان، هواداران محيط زيست تا خيريه‌ها و انجمن‌های حرفه‌ای و کارفرمايی شکل گرفتند که با وجود فشارهای بيشتری که از زمان روی کار آمدن دولت‌های محمود احمدی‌نژاد بر آن‌ها وارد شد، برخی همچنان فعاليت می‌کنند.
در جريان رويدادهای پس از دهمين دوره انتخابات رياست جمهوری در ايران در سال ۱۳۸۸، سازمان‌های غير دولتی‌ای که در عرصه زنان، دانشجويان، مطبوعات و حقوق بشر فعاليت می‌کردند از سوی حکومت ايران به شدت محدود گرديدند و فعالان آن‌ها دستگير و روانه زندان شدند.
اين محدوديت‌ها در عرصه‌های فرهنگی و هنری نيز افزايش يافته است.