علی مطهری در گفت‌و گویی «موشک‌پرانی» برای اجرا نشدن توافق‌نامه هسته‌ای ایران با قدرت‌های جهانی را یکی از مصداق‌های تندروی دانسته بود. سپاه پاسداران، نایب رئیس مجلس شورای اسلامی را به بی‌دانشی در مسائل سیاسی و امنیتی متهم کرده و تلویحاً گفته است که او «در زمین دشمن» بازی می‌کند.
علی مطهری در گفت‌وگو با «عصر ایران»، برنامه موشکی سپاه پاسداران را با قتل‌های زنجیره‌ای و توقیف فله‌ای مطبوعات مقایسه کرده و گفته بود:
«از اول انقلاب تا امروز هم هرجا تندروی کرده‌ایم به انقلاب ضربه زده‌ایم. از طولانی کردن تسخیر سفارت آمریکا بگیرید تا قتل‌های زنجیره‌ای و توقیف همزمان چندین روزنامه و ممانعت از اظهار نظر منتقدان و احکام سنگین قضایی برای منتقدان سیاسی و تحریک دشمن برای وضع تحریم‌های اقتصادی و تلاش برای اجرا نشدن برجام از طریق موشک‌پرانی و ایجاد بهانه‌های حقوق بشری برای دشمن و هر معترضی را فتنه‌گر خواندن. اینها انقلابی‌گری نیست، اقداماتی است که از روی کم‌عقلی یا هواهای نفسانی و کسب قدرت به هر وسیله ممکن.»
این سخنان بی‌پاسخ نماند. روزنامه کیهان در شماره ۲۸ دی خود نایب رئیس مجلس شورای اسلامی را رسماً به «بی‌شعوری» و «کم‌عقلی» متهم کرد، از اشغال سفارت‌خانه آمریکا و گروگانگیری به عنوان یک ضرورت یاد کرد و قتل‌های زنجیره‌ای را هم «یک ماجرای پیچیده» خواند که «متهمان اصلی آن دوم خردادی‌ها و طرفداران اصلاحات» بودند.
علی مطهری در پاسخ به مقاله کیهان، در صفحه ایستاگرامش توضیح داد که ضرورت تقویت صنایع موشکی ایران را انکار نمی‌کند اما به گمان او «مهم اجرای درست و قدرت‌نمایی به موقع است.»
رسول سنایی‌راد، معاون سیاسی سپاه پاسداران در گفت‌و گویی که خبرگزاری فارس ۲۹ دی با او انجام داده گفته است که تقویم رزمایش‌های موشکی ایران ربطی به مسائل سیاسی ندارد.
این سردار سپاه گفته است مذاکره‌کنندگان هسته‌ای ایران با جدا کردن قطع‌نامه ۲۲۳۱ از توافق‌نامه هسته‌ای ایران با قدرت‌های جهانی، برنامه موشکی ایران را از برنامه هسته‌ای این کشور تفکیک کردند.
او در هم‌آوایی با مقاله‌نویسان کیهان، علی مطهری را به ساده‌اندیشی متهم کرده و او را حتی تا مرز خیانت پیش برده است: «طرح موضوعاتی از زبان برخی ساده‌اندیشان نوعی فضاسازی رسانه‌ای برای سوءاستفاده احتمالی دشمنان در آینده می‌تواند باشد و چنین مواضع سخیفی اگر از روی خیانت نباشد از روی ساده‌اندیشی و ندیدن عمق مسائل امنیتی و سیاسی است.»
۹ اسفند ۹۴ سپاه پاسداران دو موشک بالستیک با برد دو هزار کیلومتری را پرتاب کرد. این نخستین رزمایش موشکی سپاه پس از برجام بود. خبرگزاری فارس در آن زمان گزارش داده بود که روی بدنه این موشک‌ها به زبان عبری نوشته شده بود: «اسرائیل باید از صفحه روزگار محو شود.»
جان کری، وزیر خارجه آمریکا که در آن زمان به پاریس سفر کرده بود گفته بود آزمایش‌های موشکی ایران ناقض قطعنامه‌های شورای امنیت سازمان ملل متحد است زیرا برد بالای موشک‌ها بیشتر از حد مجاز است. انتقاد علی مطهری از برنامه موشکی سپاه به این رویدادها نظر دارد.
نخستین بار اکبر هاشمی رفسنجانی، رئیس فقید مجمع تشخیص مصلحت نظام در توئیتی نوشته بود: «دنیای فردا، دنیای گفتمان‌هاست و نه دنیای موشک‌ها»
این نوشته کوتاه، علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی را به واکنشی تند واداشت. او در جمع مداحان، «رفیق آیت‌الله» را به «ناآگاهی» یا «خیانت» متهم کرده بود:
«اینکه بگویند فردای دنیا، فردای مذاکره است، دنیای موشک نیست این اگر از روی ناآگاهی گفته شود که ناآگاهی است، اما اگر از روی آگاهی باشد خیانت است.»
مشاجره بین علی مطهری از یکسو و کیهان و سپاه پاسداران درباره ضرورت برنامه موشکی ایران از سوی دیگر، تکرار مکرر عبارات یاد شده از رهبر جمهوری اسلامی‌ست.
بیشتر بخوانید:
حسین میردامادی دایی خامنه‌ای طی نامه‌یی به وی نوشت: «آسید‌علی! تا دیرتر از این نشده و دوران شما پایان نیافته و شیرازه امور به کل از هم نپاشیده و مُلک و ملت از دست نرفته، مشی خود را تغییر دهید و این ناهنجاریها را جبران کنید. هنوز زمان، کاملاً از دست نرفته و از آفتاب رو به غروب عمر شاید رشحه‌ای باقی باشد. محبت، مدارا و رعایت کرامت انسانی و وفا به «آیین وفا و مهربانی» را جایگزین خشونت، کین‌کِشی، مظلوم‌کُشی و انحصارطلبی کنید… دستور آزادی همه زندانیان سیاسی و عقیدتی، روزنامه‌نگاران و هواداران حقوق‌بشر، از زن و مرد، پیر و جوان، را که احیاناً منتقد شما بوده‌اند و در زندانهای طویل‌المدت به‌سر می‌برند و برخی مادران اطفال خرد‌سال هستند، صادر کنید».
Farid / 19 January 2017
آقای مطهری نتیجه قتل دهها انسان متفکر و دلسوز کشور را ضربه زدن به انقلاب و نظام دانسته، و این پاسدار در پاسخ طولانی شدن گروگان گیری، آن را ضرورت نظام و انقلاب دانسته.
این وسط تنها چیز بی ارزش و مغفول مانده جان انسانهای بیگناهی است که باید به این ضرورت یا آن ضرورت فدا شود تا مشتی انسان از خدا بی خبر بر اریکه قدرت بمانند!!!
هیچ دولت و رهبری در سراسر دنیا با مردم خود این نکرد که شما کردید. شماها روسیاهان تاریخ هستید ای خانواده هزار فامیل.
جمارانی / 19 January 2017
این رژیم با جنگ و خشونت اومده و مونده و با خفت وخواری هم خواهد رفت. فقط موندم این آقایون اصلاح طلب به چی این رژیم امید اصلاح دارن. اصل بد نیکو نگردد چون که بنیادش بد است
مهرزاد / 19 January 2017
این جمله زیبا و نغز را در سایتی دیدم:
هر کس پند ارزان را از دست دهد، تجربه را به قیمت گزاف خواهد خرید.
سلام بر لیبرال دمکراسی / 19 January 2017