يک مقام وزارت کشور ايران، فعاليت بنياد باران را که توسط محمد خاتمی، رئيس‌جمهور پيشين ايران اداره می‌شود، «غيرقانونی» اعلام کرد.
محمود عباس‌زاده مشکينی، مدير کل سياسی وزارت کشور به باشگاه خبرنگاران گفت: «بنياد باران از مرحله طرح درخواست و عنوان مجموعه شرايط قانونی برای بررسی و صدور مجوز و غيره و طی کردن يک مسير طبيعی و قانونی مرسوم برخوردار نيست که اين برخلاف شعار قانون‌گرايی است.»
وی افزود: «دولت به اصطلاح اصلاحات در واپسين ايام فرصت مديريتی خود پيش از تحويل دولت به منظور پی‌گيری برنامه‌های خود تلاش کرده بود با استفاده از فرصت و با عجله نهادهايی را بسازد.»
عباس‌زاده گفت: «در تاريخ ۹ مرداد ۸۴ پروانه فعاليت اين مجموعه بدون رعايت هيچ کدام از ضوابط تصويب شده و آيين‌نامه مذکور با امضای وزير کشور وقت صادر می‌شود.»
بنياد باران در سال ۱۳۸۴ توسط محمد خاتمی و با عضويت برخی از وزرا و استانداران وی تشکيل شد.
حميدرضا فولادگر، عضو کميسيون ماده ۱۰ احزاب وزارت کشور نيز شهريور ۸۹ فعاليت‌های سياسی بنياد باران را «غيرقانونی» خوانده بود و اين تشکل را صرفاً «فرهنگی» نامیده بود.
وی افزوده بود انجام هرگونه فعاليت سياسی از سوی بنیاد باران، «تخلف و جرم سياسی» است.
همچنين حميد رسايی،عضو کميسيون فرهنگی مجلس شورای اسلامی آذر ۸۹ گفت در صورت احراز «کج‌روی‌های» بنياد باران که تحت تأثير خاتمی ايجاد شده با اين بنياد برخورد قاطع خواهد شد.
وی گفته بود با توجه به اين‌که خاتمی خود يکی از «سران فتنه» محسوب می‌شود و رياست اين بنياد را بر عهده دارد، عملکرد بنياد باران بايد مورد بازبينی قرار گيرد.
سران فتنه، اصطلاحی است که حکومت ایران درباره رهبران مخالف دولت به کار می‌برد.
کميسيون ماده ۱۰ احزاب که مرجع صدور مجوز برای فعاليت احزاب است، تاکنون ادامه فعاليت جبهه مشارکت ايران اسلامی و سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی، دو حزب عمده اصلاح‌طلبان را «غيرقانونی» اعلام کرده است.