نظامی بودن همه آمران و عاملان حمله به علی مطهری در شیراز دادگاه این پرونده را با تعویق روبه‌رو کرد.
مصطفی ترک همدانی، وکیل مدافع علی مطهری، نماینده تهران در مجلس، اعلام کرد که با گذشت دو ماه از ارسال این پرونده به دیوان عالی کشور، سرانجام این نهاد، دادسرای نظامی شیراز را برای بررسی این پرونده صالح دانست.
دلیل این امر نظامی بودن همگی آمران حمله به مطهری عنوان شده است.
ترک همدانی پیش از این گفته بود هویت مهاجمان شناسایی شده اما به دلیل «محرمانه بودن» اطلاعات پرونده نمی‌تواند فاش کند که این افراد به چه نهادی وابسته هستند. برخی گزارش‌ها حاکی از آن بود که مهاجمان وابسته به سپاه فجر استان فارس هستند.
علی مطهری ۱۸ اسفند سال ۱۳۹۳ برای سخنرانی در دانشگاه به شیراز رفته بود که پس از ورود به فرودگاه با یورش موتورسوران روبه‌رو شد. آن‌ها او را با سنگ و گوجه مورد حمله قرار دادند. مطهری نزدیک به سه ساعت نیز در یکی از کلانتری‌های شیراز در محاصره مهاجمان قرار داشت.
پرونده این حمله از آن زمان تاکنون در دست بررسی است.
ابتدا عاملان این رویداد که نظامی بودند در دادگاه کیفری شیراز محاکمه شدند بعد شکایت از آمران حمله از بهمن‌ماه سال گذشته در دادسرای نظامی شیراز مطرح شد، اما پس از گذشت چند ماه از رسیدگی به آن اعلام شد که چون دادگاه نخست دادگاه کیفری عمومی بود، دادسرای نظامی صلاحیت رسیدگی به این پرونده را ندارد.
اختلاف نظر «دادسرای نظامی» و «دادسرای عمومی و انقلاب» موجب شد تا پرونده برای تعیین دادگاه رسیدگی به دیوان عالی کشور ارسال شود که با نظر اخیر این نهاد پرونده حمله به مطهری وارد آخرین مراحل بررسی شد.
وکیل علی مطهری گفت: «متهمان این پرونده جملگی نظامی بودند و نظر ما هم بر این بود که باید در دادسرای نظامی شیراز رسیدگی شود اما این مرجع خود را صالح به رسیدگی نمی‌دانست.»
ترک همدانی تعداد آمران را «بیش از پنج نفر» اعلام کرد.
در مرحله نخست این پرونده دادگاه کیفری بدوی شیراز شش نفر از مهاجمان را به دو ماه حبس و ۱۰ ضربه شلاق و دو نفر دیگر را به چهار ماه و نیم حبس و ۳۷ ضربه شلاق محکوم کرد.
از میان سه متهم دانشگاهی که جرمشان برگزاری جلسه سخنرانی علی مطهری بود، یک متهم به دو سال انفصال از خدمت با دو سال تعلیق، نفر دیگر از مسئولان دانشگاه به دو سال انفصال از خدمات دولتی قطعی، و دانشجوی دعوت‌کننده از مطهری به دلیل معاونت در امتناع از دستورات و قوانین دانشگاه، به پرداخت ۱۰ میلیون ریال جزای نقدی محکوم شد.
بسیاری این احکام را به دلیل آن‌که حکم برگزارکنندگان سخنرانی از حکم عاملان حمله سنگین‌تر است مورد انتقاد قرار دادند.
حکم صادره قابل تجدیدنظرخواهی است. علی مطهری به حکم صادر شده در مورد هشت فرد حمله‌کننده اعتراضی نکرده است اما متهمان به رأی صادره اعتراض کرده‌اند.