روحانی ابراز امیدواری کرده بود که دیگر برای معرفی وزیر علوم خدمت نمایندگان نرسد، اما دانش آشتیانی با ۱۷۱ رای مخالف در برابر ۷۰ رای موافق و ۱۶ رای ممتنع، از راه‌یابی به کابینه بازماند.
فخرالدین احمدی دانش آشتیانی در جلسه علنی روز سه‌شنبه ۲۷ آبان با ۱۷۱ رای مخالف از مجموع ۲۵۷ رای اخذ شده از راه‌یابی به کابینه یازدهم باز ماند. ابوترابی که ریاست جلسه علنی را بر عهده داشت پس از اعلام نتیجه گفت منتظر گزینه بعدی از سوی رئیس جمهور هستیم.
روحانی در آغاز جلسه رای‌گیری ابراز امیدواری کرده بود که برای بار چهارم و به خاطر وزیر علوم، خدمت نمایندگان نرسد.
نقوی حسینی، نماینده ورامین و عضو فراکسیون اصولگرایان در مخالفت با آشتیانی گفته بود: «وزارت علوم سهمیه حزب منحله مشارکت شده و گویا رئیس جمهور نمی‌تواند از آنها عبور کند.» حسینی تاکید کرد که اگر ۲۰ فرد دیگر مثل آشتیانی معرفی شود به او رای داده نمی‌شود.
علیرضا زاکانی، نمابنده مردم تهران نیز آشتیانی را از گردانندگان “فتنه ۸۸” ، موسس و عضو شورای مرکزی جبهه مشارکت خواند. زاکانی گفت ما از اصرار رئیس جمهور بر سپردن مدیریت دانشگاه‌ها به دست یک جریان خاص تعجب می‌کنیم. زاکانی برای اثبات حضور آشتیانی در “فتنه ۸۸” فیلمی را نیز در مجلس نمایش داد.
نقوی حسینی، سخنگوی کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی مجلس، پیش‌تر و روز دوشنبه ۲۶ ابان گفته بود که در جلسه رای‌گیری برای آشتیانی، اسناد نقش‌‌آفرینی او در حوادث پس از انتخابات سال ۸۸ ارائه می‌‌شوند.
آشتیانی در دفاع از خود گفت که عضو حزب مشارکت بوده اما حضور فعال نداشته و وصله عضو موسس در حزب مشارکت به او نمی‌چسبد. او گفت با بسیج مخالف نیست، فراجناحی است و تنها یک نامه را در رابطه با فرجی‌دانا را امضا کرده که در آن خواستار عدم استیضاح وزیر شده است. آشتیانی با وجود اعلام برائت از اصلاح‌طلبان، تنها نظر ۷۰ نماینده را جلب کرد.
روحانی: اصولگرایان اولین معرفان آشتیانی بودند
روحانی در سخنرانی یک‌ساعته خود در مجلس، تاکید کرده بود که برای انتخاب وزیر علوم زیر فشار هیچ گروهی نبوده و نیست. او هم‌چنین ابراز امیدواری کرد که در فرصت‌های بعدی برای حل مسائل معیشت، اشتغال و توسعه کشور خدمت نمایندگان برسد.
روحانی یادآوری کرد که برای چهارمین بار «خدمت نمایندگان می‌رسد اما امیدوار است فرصت‌های بعدی برای تعاون و حل مسائل اساسی مردم مثل معیشت، اشتغالـ، رشد و توسعه کشور و فرهنگ باشد.»
روحانی واژه «لجبازی» را برای رئیس جمهور یا نمایندگانی مجلس در موضوع معرفی وزیر علوم شایسته ندانست و گفت وزیر علوم را زیر فشار هیچ گروه و جناحی انتخاب نکرده است: «من در این زمینه فشارپذیر نیستم و گزینه وزیر علوم را براساس وعده های انتخاباتی خود انتخاب کردم.»
حسن روحانی این را هم گفت که اولین معرفی‌کنندگان آشتیانی برای وزارت علوم، دوستان قدیمی ایشان بودند که «اتفاقا دوستان پر و پا قرص اصولگرای ما هستند و در مرحله اول هیچ فرد اصلاح‌طلبی با ما صحبت نکرد.»
روحانی افزود که از نظرش اصولگرایان و اصلاح‌طلبان فرزندان انقلاب هستند و «هیچ فرقی میان این حزب و آن حزب نیست.»
او یاد‌اوری کرد که دوران سه ماهه اداره وزارت علوم با سرپرست رو به اتمام است: «این که ما زیاد خدمت مجلس برسیم افتخار است اما امیدواریم دیگر برای وزیر علوم ما را به مجلس دعوت نکنید. دانشگاه منتظر است برای این که از حالت سرپرست در بیاید. هرچند سرپرست درد آشنایی مثل نجفی دارد.»
روحانی در بخشی از سخنان خود بر سوابق آشتیانی در سپاه پاسداران و جبهه‌های جنگ تاکید کرده و افزوده بود که آشتیانی سیاست به به معنای این جناح و آن جناح بودن را کنار گذاشته و بیشتر در کارهای فرهنگی، اجرایی و عملیاتی است.