به گفته علی شمخانی، دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران، به برخی از نامه‌های باراک اوباما به رهبر جمهوری اسلامی ایران، پاسخ داده شده است.
علی شمخانی نماینده رهبر جمهوری اسلامی ایران، عصر روز چهارشنبه در نشست سیاسی هفتگی خود خطاب به مدیران و کارشناسان دبیرخانه و «شورای‌عالی امنیت‌ملی» گفته که به برخی نامه‌های باراک اوباما که عمدتا پیرامون برنامه اتمی ایران بوده، پاسخ داده شده است. این مقام مسئول بر این نکته تاکیدی نکرده که پاسخ نامه‌ها را آیت‌الله خامنه‌ای داده است.
شمخانی گفته است که نامه‌نگاری رییس‌جمهوری آمریکا دارای سابقه چندین‌ساله است و در برخی موارد نیز پاسخ‌هایی به این مکاتبات ارائه شده است.»
دبیر شورای عالی امنیت ملی ایران رویکرد مکاتبات محرمانه دولت آمریکا را تاثیرگذاری بر فضای سیاسی ایران توصیف کرد.
او مواضع رسمی این کشور را «دوگانه» خوانده و تاکید کرده است که در پاسخ، «مواضع صریح، شفاف و قاطع جمهوری اسلامی در موضوع هسته‌ای مجددا به رئیس جمهور ایالات متحده آمریکا یادآوری و بر عدم پذیرش برنامه غنی‌سازی نمایشی از سوی جمهوری اسلامی ایران تاکید شده است».
نخستین‌بار است که حکومت ایران مکاتبه با رئیس جمهور آمریکا را تائید می‌کند. شمخانی توضیح نداده است که این نکته چه زمانی و در پاسخ به کدام‌یک از نامه‌های اوباما داده شده است.
روزنامه آمریکایی وال‌استریت ژورنال، روز پنجشنبه ۱۵ آبان ماه سال جاری، گزارش داده بود که باراک اوباما، رئیس‌جمهور آمریکا ماه گذشته نامه محرمانه‌ای برای آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر ایران فرستاده است.
در این گزارش تاکید شده بود که اوباما در نامه محرمانه خود به خامنه‌ای، درباره منافع مشترک ایران و آمریکا توضیح داده است.
این چهارمین نامه‌ای است که باراک اوباما از زمان ریاست بر کاخ سفید در سال ۲۰۰۹ به قصد بهبود رابطه ایران با آمریکا برای رهبر ایران ارسال کرده است.
نامه اول، اردیبهشت۸۸ فرستاده شد و خامنه‌ای در نماز جمعه ۲۹خرداد ۱۳۸۸ به آن اشاره کرد. نامه دوم، شهریور ۱۳۸۸ ارسال شد. این نامه پس از تحلیف و تنفیذ دور دوم محمود احمدی‌نژاد فرستاده شد.
گفته می‌شود نامه آخر اوباما با هدف تاکید بر ضرورت تشدید مبارزه با گروه داعش نوشته شده است. رئیس جمهوری آمریکا به رهبر ایران نوشته است که هر حمله آمریکا علیه مواضع گروه دولت اسلامی (داعش) با منافع ایران همخوانی دارد.
وال استریت ژورنال در گزارش خود به نقل از منابع آگاه از این نامه نوشته بود که اوباما به خامنه‌ای نوشته که هر گونه همکاری ایران در مبارزه با پیکارجویان داعش، بستگی به توافق همه‌جانبه با قدرت‌های جهانی در مذاکرات هسته‌ای ۲۴ نوامبر دارد.
این نامه همزمان با نزدیک شدن به موعد نهایی دور اخیر مذاکرات ایران و گروه ۱+۵ در روز ۲۴ نوامبر برای خامنه‌ای ارسال شده است.
بر اساس اطلاعات مطرح شده در گزارش وال استریت ژورنال، حساسیت نامه‌نگاری با ایران منجر به این شده است که متحدان خاورمیانه‌ای آمریکا- اسراییل، عربستان سعودی و امارت متحده عربی از آن آگاه نشوند.
در این گزارش تاکید شده است که کشورهای یادشده در هفته‌های اخیر نسبت به نرمش احتمالی آمریکا در برابر ایران ابراز نگرانی کرده‌اند تا مبادا در پی توافق هسته‌ای، ایران به موفق به ساخت سلاح هسته‌ای شود.
جاش ارنست، سخنگوی کاخ سفید پس از انتشار خبر ارسال این نامه، تاکید کرد که سیاست دولت اوباما در برابر ایران تغییری نکرده است.
اوباما نیز در پاسخ به پرسش شبکه تلویزیونی «سی‌بی‌اس» درباره نامه چهارم گفت: «ترجیح می‌دهم درباره ارتباطاتم با سران کشورهای مختلف جهان صحبت نکنم. من روشهای مختلف و زیادی برای ارتباط‌برقرارکردن با سران مختلف جهان دارم.»
مقام‌های آمریکا و ایران، پیش از روی کار آمدن حسن روحانی به عنوان رئیس جمهوری ایران نیز سلسله دیدارهایی داشتند که گفته می‌شود راه را برای توافق مقدماتی ژنو در پاییز گذشته باز کرد.