ایجاد امکانات و تاسیسات برای گردشگران در تعدادی از غارهای بکر و طبیعی ایران، آسیب‌های فراوانی به آنها وارد کرده است.
رئیس انجمن غار و غارشناسی ایران با انتقاد از برخی شرکت‌های خصوصی که مدیریت غارهای طبیعی ایران را برعهده گرفته‌اند گفت:«متاسفانه تمام امکانات شهری را به داخل غار برده و شکل اصلی آنها را از بین برده اند».
جواد نظام دوست به تخریب غارهایی مانند غار علیصدر در همدان، کتله خور در زنجان، غار قوری قلعه، غار دربند سمنان و غارهای سهولان، کرفتو، شاپور و رودافشان اشاره کرد و افزود: «به طور معمول در دنیا هیچ تغییر غیرهمگونی را در غارها اعمال نمی کنند و سعی می شود غارها به همان شکل طبیعی خود بمانند».
به گفته رئیس انجمن غار و غارشناسی ایران، بهره‌برداران سابق غار کتله خور زنجان تخریب‌ها و تغییراتی را برای راحت کردن ورود گردشگران به داخل این غار انجام داده بودند، اما به طور معمول اگر غارها قابل ورود برای گردشگر نباشند، سعی می کنند که از آن برای ورود غارنوردان حرفه ای استفاده شود.
او همچنین به قصد یک سرمایه‌گذار برای انجام تخریب و ایجاد تونل در زیر غار قلایچی در شهرستان بوکان، آذربایجان غربی، اشاره کرد و گفت:«این غار ۱۱۰ متر چاه دارد. سرمایه گذار می خواست از زیر غار تونل بزند و وارد غار شود که در این صورت اکوسیستم غار به طور کلی از بین می رفت اما به کمک رسانه ها و غارنوردان از این اقدام جلوگیری شد».
هم‌اکنون٬ مراحل بعدی توریستی‌سازی غار قلایچی متوقف شده تا بررسی های بیشتری در این مورد انجام شود.