با گذشت حدود دو ماه از سیل اخیر در چند استان ایران و با گرم شدن هوا، وزارت بهداشت نگران شیوع بیماری‌های واگیر در خوزستان است. علیرضا رئیسی، معاون بهداشت وزارت بهداشت در این زمینه مشکل فاضلاب را از مشکلات جدی در خوزستان دانست و گفت: «استان خوزستان حتی قبل از وقوع سیل نیز با مشکل فاضلاب روبه‌رو بود و نیاز است تا کاری جدی و زیرساختی در این زمینه انجام شود.» رئیسی یکی از دلایل موفقیت در عدم بروز بیماری‌های واگیر را اطلاع‌رسانی درست به مردم و مصرف آب‌های کلرزنی‌شده و بسته‌بندی‌شده دانست و گفت: «همچنان نگرانی برای بهداشت این مناطق وجود دارد و نظارت بر آب از جدی‌ترین دغدغه‌های ما است.» به‌گفته او هیچ تضمین جدی به جز رعایت بهداشت فردی و عمومی نمی‌تواند این اطمینان خاطر را در جهت کنترل عوامل بیماری‌زا در این مناطق در فصل تابستان داشته باشد. وزارت بهداشت ایران پس از جاری شدن سیل نسبت به شیوع بیماری‌های واگیر در خوزستان اظهار نگرانی کرده بود اما بعد مقامات این وزارتخانه چنین مسئله‌ای را تکذیب کردند.