علی مطهری در یادداشتی با عنوان «معجزه رسانه‌های آزاد» که در روزنامه اعتماد منتشر شد، قتل جمال خاشقجی را با قتل‌های زنجیره‌ای مقایسه کرده و نوشته که اگر رسانه‌های عربستان آزاد بودند این قتل اتفاق نمی‌افتاد. روزنامه جوان از رسانه‌های سپاه در پاسخ علی مطهری را به «ساده‌لوحی» و «بدفهمی مفرط» متهم کرده و نوشته است: «در قتل خاشقجی عامل خود حکومت بود و در یکی از مراکز حکومتی آل‌سعود هم این اتفاق روی داد. اما قتل‌های زنجیره‌ای کار عوامل خودسر بود و خود دولت ایران به ماجرا رسیدگی کرد و پرونده را پیش برد، بدون دخالت خارجی.» قتل‌های زنجیره‌ای با صدور فتوای روحانیون بلندپایه و به دست پرسنل وزارت اطلاعات در زمان وزارت علی فلاحیان و قربانعلی دری نجف‌آبادی انجام شد. نایب رئیس مجلس شورای اسلامی در یاداشت خود ریشه این قتل‌ها را در مقدس جلوه دادن حکومت‌ها دانسته است. روزنامه سپاه در پاسخ نوشته: «کجا مقدس دانستن جمهوری اسلامی به جرئت نداشتن مردم برای نقادی منجر شده است؟» مطهری از پرونده خاشقجی به عنوان «الطاف خفیه الهی برای ایران در شرایط سخت کنونی» نیز یاد کرده است.