حسن خمینی، نوه روح الله خمینی نخستین رهبر جمهوری اسلامی ایران، ۳۳ سال پس از مرگ او گفته است مؤسسه نشر آثار خمینی قصد دارد «بخش های زیادی از اسناد بسته را باز کند». او ادعا کرده است که این اسناد «خیلی از نقدها را پاسخ می‌دهد». نوه خمینی که مؤسسه تحت کنترل او حداقل ۸۰ میلیارد تومان از بودجه سنواتی سهم می‌برد، انتشار «اسناد بسته» را اقدامی همراستا با «جهاد تبین» که علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی بر آن تأکید کرده، دانسته و گفته است: «ما نباید بنشینیم که دشمنان امام هر روز موضوعی برای ما درست کنند و ما به دنبال جواب راه بیفتیم؛ فضای جدال فرهنگی و بحث را ما باید تعیین کنیم. در اثر این رفتار‌های آنان به راحتی جای قربانی و جلاد عوض می‌شود». پیش از این علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی در دفاع از کشتار زندانیان سیاسی در دهه شصت گفته بود که نباید اجازه داد «جای جلاد و شهید عوض شود». حسن خمینی نیز با تکرار این جمله وعده کرده است اسناد مرتبط با «پرونده‌های بسته» در جمهوری اسلامی با همین هدف باز شوند. روزنامه فرهیختگان که به دانشگاه آزاد اسلامی وابسته است، در واکنش به این سخنان نوشته: پرونده مک فارلین، برکناری حسینعلی منتظری از قائم مقامی رهبر جمهوری اسلامی، پرونده نهضت آزادی «نها گوشه‌ای از اتفاقات تاریخی پرتفسیری است که انتشار مواضع و نظرات امام درمورد آنها می‌تواند فضای پیرامونی‌شان را روشن‌تر ساخته و باب تحریف و تفسیربه‌رای را ببندد.». اصلاح‌طلبان حکومتی در ایران همواره تلاش کرده‌اند چهره دیگری از خمینی ترسیم کنند و برخی تصمیمات خشونت‌آمیز و مرگبار او را به نزدیکان و یا دیگر مقام‌های ارشد حکومتی نسبت بدهند.