محمد علی پورمختار، رئیس کمیسیون اصل ۹۰ در دوره نهم مجلس شورای اسلامی در گفت‌و‌گو با وب‌سایت «خبرآنلاین» گفته است که در پایان زمان مسئولیت او، شمار ثبت امام‌زاده در ایران به ۱۱ هزار مورد رسیده بود. به گفته پورمختار، فردی «فاقد صلاحیت» در قم مسئولیت تطبیق شجره‌نامه برای تأیید درخواست ثبت امام‌زاده‌ها را برعهده دارد: « این فردی که شجره‌نامه امامزاده‌ها به او سپرده می‌شود تا آن را نسل به نسل برساند به یکی از ائمه، از سوی آیت الله نوری همدانی زیر سوال رفته است. این درحالی است که بخشی از امام‌زاده‌ها از طرف این فرد شجره‌نامه گرفته‌اند.» او از سازمان اوقاف و امور خیریه به دلیل متوقف‌نکردن روند امام‌زاده‌سازی انتقاد کرد و گفت که این سازمان برای تخریب امام‌زاده‌های جعلی هنوز «حرکت موثری» انجام نداده است. بحث بر سر امام‌زاده‌ها پس از آن بالا گرفت که غلامعلی جعفرزاده ایمن‌آبادی، نماینده رشت در مجلس با اشاره به افزایش دائم شمار امام‌زاده‌ها از سازمان اوقاف خواست «در این دکان‌ها را ببندد»‌ و به خبرگزاری «خانه ملت» گفت: «در همین فاصله مجلس نهم تا مجلس دهم چندهزارتایی به آمار امام‌زاده‌ها اضافه شد؛ سوالی که مردم می‌پرسند این است که داستان امام‌زاده‌ها کی تمام می‌شود؟ یعنی چه که تعداد آن‌ها رو به تزاید است و چرا مرتباً افزایش پیدا می‌کند؟ این افزایش امام‌زاده‌ها در نزد جوانان فاقد معنا است، یک جایی باید پرونده کشف امام‌زاده را ببندند و مرتبا نباید امام‌زاده تولید شود.» سازمان اوقاف در پاسخ او اعلام کرده بود که «بررسی شجره‌نامه امام‌زاده‌ها بر اساس کار کارشناسی است».