مدیرکل دفتر مدیریت عملکرد سازمان بهزیستی ایران، کودکآزاری در مهدکودک‌ها را «اجتناب‌ناپذیر» دانسته و می‌گوید در محیط‌های اجتماعی مثل مهدکودک و مدرسه هر چقدر تلاش شود، بازهم این آسیب‌ها وجود دارد. در سال‌های اخیر گزارش‌هایی از وقوع کودکآزاری در محیط‌های آموزشی از جمله مهدکودک‌ها منتشر شده اما روند نظارت و صدور مجوز و پیگیری موارد کودکآزاری در این محیط‌ها شفاف نبوده است.
هرچند وقت یک بار خبرهایی از کودکآزاری در مدارس و مهدکودک‌های ایران منتشر می‌شود. حسن موسوی چلک، مدیرکل دفتر مدیریت عملکرد سازمان بهزیستی ایران گفته در مقوله کودکآزاری محدودیت مکانی و زمانی وجود ندارد و کودکآزاری در خانه و محیط‌های اجتماعی رخ می‌دهد. در حالی که برای کاهش کودکآزاری بر تقویت شیوه‌های نظارت بر نهادهایی که با کودکان سر و کار دارند تأکید می‌شود، موسوی چلک گفته وجود پدیده کودکآزاری در همه مکان‌ها این پیام را می‌رساند که هر چقدر نظارت تقویت شود و آموزش داده شود، باز هم کودکآزاری وجود دارد و همانطور که در داخل منزل نزدیک‌ترین افراد به فرزندان به آنها آسیب می‌رسانند و آزارگر هستند، در محیط‌های اجتماعی مثل مهد کودک و مدرسه هم این آسیب وجود دارد.
به گفته موسوی چلک، واقعیت این است که بیشترین مکانی که کودکآزاری در آن شکل می‌گیرد، خانه‌ها هستند و مدرسه و مهد کودک سهم کمتری از این چرخه دارند.
برخی آمارها نشان می‌دهند کودکآزاری و اعمال خشونت نسبت به کودکان در ایران افزایش یافته است. اغلب اقدام‌کنندگان به کودکآزاری، والدین هستند و مواردی که بیگانگان و غریبه‌ها را شامل می‌شود تنها درصد کمی را به خود اختصاص می‌دهد.
در خانواده‌هایی که دارای مشکلات و ناهنجاری‌های روانی و عاطفی هستند خطر کودکآزاری بالاست. مشکل در زمینه کنترل خشم، آستانه تحمل پایین، ناکامی، افسردگی، کاستی در زمینه برقراری همدلی و عدم انعطاف پذیری شخصیتی از عوامل مهم کودکآزاری است. با وجود این، بالا بودن آمار کودکآزاری در خانه، از اهمیت وقوع آن در مدارس و مهدکودک‌ها نمی‌کاهد.
موسوی چلک در خصوص روند نظارت بر جذب نیروها در مهدکودک‌ها و مراکز آموزشی گفته در مهدکودک‌ها تمامی افرادی که به هر طریقی با کودکان در تماس هستند به اشکال مختلف گزینش می‌شوند و در صورت تخلف هم مطابق ضوابط آنها برخورد می‌شود. او گفته مجوزها به راحتی صادر نمی‌شوند و مراکز ماهانه کنترل می‌شوند.
رئیس انجمن مددکاران اجتماعی گفته آزار کودکان یکی از مواردی است که بعد از تاییدشدن، منجر به تعطیلی، اخطار و احضار عوامل نظارتی مرکز مربوطه می‌شود، اما در خصوص مهدکودک‌ها موضوع به شکل پیشگیری بعد از بحران نیست و قبل از پیشامد مشکلات یا عواملی مثل کودکآزاری تمامی افراد گزینش می‌شوند و به شکلی نیست که به راحتی مجوز فعالیت صادر شود، ضمن اینکه کادر باید دوره‌های خاصی هم بگذرانند.
او با تاکید بر اینکه کودکآزاری در هر محیطی شکل بگیرد، حساسیت خاصی روی آن وجود دارد، گفته است: «محیط‌های بسته مانند مهدکودک و مراکز شبانگاهی هم از جمله محیط‌هایی هستند که کودکآزاری در آنها وجود دارد به همین دلیل آموزش‌هایی برای اولیا و مربیان برای پیشگیری از اتفاق‌هایی مثل کودکآزاری ارائه می‌شود.»
با وجود این موسوی چلک تاکید کرده که گرچه آموزش مهم‌ترین محور کاهش و کنترل روند آسیب‌های اجتماعی از جمله کودکآزاری است و هیچ‌کس نمی‌تواند آن را کتمان کند. هر چقدر روی پیشگیری کار شود، باز هم شاهد وقوع برخی پدیده‌ها خواهیم بود و این موضوع اجتناب‌ناپذیر است، چرا که ما با انسانی سروکار داریم که رفتارهای غیرقابل پیش‌بینی دارد.
سازمان بهزیستی اما در سال‌های گذشته گفته که همواره برای تعیین شهریه‌ها تحت فشار بوده و به دلیل بالا بودن شهریه‌ها مورد انتقاد قرار داشته است. این انتقادها باعث شده که به گفته بهزیستی، شهریه مهدها پایین اعلام شود و دستمزد مربیان اندک باشد. تعرفه‌های ناچیز تعیین شده از سوی بهزیستی برای شهریه مهدکودک‌ها را باعث بی‌میلی افراد مجرب و متخصص به فعالیت در مهدکودک‌ها شده و برخی افراد غیرمتخصص در این شغل به کار گرفته‌شده‌اند.
مدیرکل دفتر مدیریت عملکرد سازمان بهزیستی ایران، تصویب لایحه حمایت از حقوق کودکان و نوجوانان در مجلس شورای اسلامی را عامل کاهش کودکآزاری در کشور خوانده و گفته که اگر این لایحه تصویب و ابلاغ شود، شرایط بهتری برای حمایت از کودکان فراهم می‌شود.
موسوی چلک گفته «اخیرا قوه قضائیه، آموزش و پرورش و معاونت‌های اجتماعی دستگاه‌ها در حال انجام اقدامات خوبی برای رسیدگی به این شرایط هستند، اما بخش زیادی از عواملی که منجر به کودکآزاری می‌شوند، روانی هستند و در خصوص آنها کار زیادی نمی‌توان انجام داد، چرا که زنجیره‌ای متشکل از عوامل مختلفی مثل مصرف مواد مخدر است.»
با وجود این گفته‌ها، عملکرد نهادهای قضایی در رسیدگی به موارد کودکآزاری در مدارس و مهدکودک‌ها چندان درخشان نیست.
مدتی قبل پرونده ناظم دبیرستانی در غرب تهران که به آزار جنسی چند دانش‌آموز متهم شده با صدور کیفرخواست به دادگاه کیفری ۲ ارشاد ارسال شد. اتهام اصلی متهم این پرونده، تشویق به فساد و کودکآزاری است. پیش از آن سعید طوسی، عضو شورای عالی قرآن ایران و «قاری محبوب» علی خامنه‌ای، رهبر این کشور که متهم به آزار جنسی شاگردانش بود، در یک فرآیند قضایی غیرشفاف از اتهامات تبرئه شد.
در ایران تنها ۱۶ سال است که کودکآزاری به‌عنوان «جرم عمومی» شناخته می‌شود و پیگیری آن منوط به شکایت قربانی نیست.
در این رابطه در سال ۱۳۸۱، قانونی با ۹ ماده در دولت محمد خاتمی تصویب شد. در ماده چهار این قانون برای کودک‌آزار سه تا شش ماه زندان یا جزای نقدی تعیین شده که در بسیاری از پرونده‌ها از این مجازات نیز دریغ می‌شود. البته این مجازات تنها برای کودکآزاری است یعنی موردی که منافی عفت نباشد.
در پرونده‌های مربوط به انجام اعمال منافی عفت با کودکان، در صورت اثبات جرم، مجازات اعدام تعیین شده است.
مجازات‌هایی که برای کودکآزاری در نظر گرفته می‌شود معمولا متناسب با جرم نیست و بستگان درجه یک، به‌ویژه پدر، حتی در مواردی که آزار منجر به قتل کودک شود، به مجازات سنگینی نمی‌رسند.