دفتر رهبر جمهوری اسلامی ایران امروز، شنبه در اطلاعیه‌ای نحوه انتشار سخنان آیت‌الله خامنه‌ای در خبرگزاری جمهوری‌اسلامی ایران (ایرنا) در رابطه با جریانات اخیر مربوط به وزیر اطلاعات را «ناقص و غیرمسئولانه» دانست و از خبرگزاری‌ها درخواست کرد به «هیچ عنوان» از این خبر استفاده نکنند.
 
آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران امروز طی سخنانی در جمع مردم شیراز با اشاره به جریانات مربوط به  کناره‌گیری و ابقای وزیر اطلاعات گفت: «در قضیه اخیر احساس شد از مصلحت بزرگی غفلت شده است.»
 
خبرگزاری ایرنا در خبر اولیه خود که مورد اعتراض دفتر آیت‌الله خامنه‌ای قرار گرفت، این بخش از سخنان وی را انعکاس نداده بود.
 
به گزارش تارنمای دفتر آیت‌الله خامنه‌ای، وی در بخشی دیگر از سخنان خود گفت که «رسانه‌های بیگانه» درمورد قضایای اخیر وزارت اطلاعات که از دیدگاه وی «آنچنان اهمیتی هم ندارد» جنجال راه انداخته‌اند و «می گویند در جمهوری اسلامی ایران شکاف و حاکمیت دوگانه بوجود آمده و رئیس جمهور، حرف رهبری را گوش نکرده است.»
 
آیت‌الله خامنه‌ای ادامه داد: «رهبری هیچگاه بنای دخالت در تصمیم ها و کارهای دولت را ندارد، مگر آنجایی که احساس کند مصلحتی مورد غفلت قرار گرفته است.»

شامگاه يک‌شنبه ۲۸ فروردين ۱۳۹۰ خبرگزاری‌های ايران خبر دادند محمود احمدی‌نژاد، با استعفای مصلحی از وزارت اطلاعات موافقت کرده و وی را به عنوان «مشاور رئيس‌جمهور در امور اطلاعاتی» منصوب کرده است.
 
آیت‌الله خامنه‌ای پس از کناره‌گیری مصلحی از وزارت اطلاعات، با ارسال نامه‌ای خطاب به وی، از او خواست تا همچنان در وزارت اطلاعات به فعالیت بپردازد.
 
با اين حال تاکنون وب‌سايت رسمی نهاد رياست جمهوری ايران از انتشار خبر ابقای حيدر مصلحی به‌عنوان وزير اطلاعات خودداری کرده و تنها خبر مربوط به موافقت احمدی‌نژاد با استعفای وزير اطلاعات در اين تارنما وجود دارد.
 
آیت‌الله خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران با اشاره به جریانات مربوط به  کناره‌گیری و ابقای وزیر اطلاعات گفت: «در قضیه اخیر احساس شد از مصلحت بزرگی غفلت شده است.»

 
آیت‌الله خامنه‌ای در سخنان امروز خود با اشاره به حمایت خود از آنچه «خط کار و خدمت» عنوان کرد، افزود: «هرجا که رهبری احساس کند از مصلحت بزرگی غفلت می شود، وارد خواهد شد و رهبری تا زنده است هیچ‌گاه نخواهد گذاشت، در حرکت عظیم ملت ایران بسوی آرمان‌ها، ذره ای انحراف ایجاد شود.»
 
خبر اولیه ایرنا که پس از تذکر دفتر آیت‌الله خامنه‌ای حذف شد، با تیتر «رئیس جمهور و دولت شبانه‌روز در حال خدمت هستند» منتشر شده بود که در خبر اصلاحی به ««قوای سه‌گانه بويژه دولت حقاً و انصافاً در حال خدمت و تلاش هستند» تغییر داده شد.ایرنا خبر اصلاحی خود را همچون سایر خبرگزاری‌های رسمی ایران از وب‌سایت رهبر جمهوری اسلامی ایران نقل قول کرده است.
 
 علی‌اکبر جوانفکر، از نزدیکان و حامیان اسفندیار رحیم مشایی مدیریت خبرگزاری ایرنا را بر عهده دارد. خبرگزاری ایرنا در جریان استعفا و ابقای مجدد وزیر اطلاعات نیز بر خلاف سایر خبرگزاری‌های رسمی ایران، پس از نامه آیت‌الله خامنه‌ای در مخالفت با استعفای مصلحی اقدم به حذف خبر استعفای وزیر اطلاعات نکرد.
 
این خبرگزاری حامی دولت، یک روز پس از نامه رهبر جمهوری اسلامی ایران طی خبری اعلام کرد که آيت‌الله علی خامنه‌ای با استعفای حيدر مصلحی مخالفت کرده است، اما ساعتی بعد، اين خبر را حذف کرد و خبرهای مربوط به موافقت محمود احمدی‌نژاد، رئيس‌جمهوری ايران با استعفای حيدر مصلحی از وزارت اطلاعات در صفحه اصلی اين خبرگزاری قرار گرفت.
 
علی‌اکبر جوانفکر، مدير عامل خبرگزاری ايرنا نيز در تارنمای شخصی‌اش، خبر مخالفت رهبر جمهوری اسلامی ايران با استعفای وزير اطلاعات را «جعلی» توصيف کرد.به گفته وی «رسانه‌های دروغ‌پرداز و اقتدارگرا» با انتشار اين خبر «جعلی» در حال «طراحی و اجرای سناريوی جديدی عليه دولت» برای وانمود‌سازی «عدم ولايت‌پذيری رئيس‌جمهور و همچنين قرار دادن رهبر انقلاب در مقابل خبر دروغ منتشر شده از قول ايشان هستند.»

محمود احمدی‌نژاد تا کنون در رابطه با این ماجرا اظهار نظر نکرده است و بسياری از نمايندگان اصولگرای مجلس ايران و چهره‌های سياسی ایران از سکوت وی درباره نامه رهبر جمهوری اسلامی ايران به شدت انتقاد کرده‌اند.