علی مطهری گفته که دفتر کارش توسط وزارت اطلاعات دولت قبل شنود می‌شد که اکنون با پیگیری‌های انجام شده موضوع روشن شده و با عاملان آن برخورد شده و از وزارت اطلاعات اخراج شده‌اند. او پیش‌تر هم گفته بود که شنود دفتر کارش توسط معاون حیدر مصلحی، وزیر اطلاعات پیشین ایران انجام شده است.
ایسنا گزارش داده که نائب رئیس مجلس ایران گفته که پرونده های شیراز، مشهد و شنود از دفتر شخصی او «براساس قوانین و چارچوب های مشخص» در حال رسیدگی است.
علی مطهری تیرماه ۱۳۹۲در نامه‌ای از کشف «دستگاه‌های مختلف استراق سمع و فیلمبرداری» در کانال کولر دفتر خود خبر داده بود.
به‌گفته مطهری «مهاجمان ۹نفر بوده‌اند که ۱۸دقیقه بامداد سه‌شنبه ۱۸تیرماه ۹۲ به دفتر او وارد شده و ساعت چهار صبح با نصب دستگاه‌ها از دفتر خارج شده‌اند.»
علاوه بر این، به دلیل مواضع خاص او درباره مسایل روز سیاسی و اجتماعی و انتقاداتش، در سال‌های اخیر برخی از سفرها وسخنرانی‌های او با تهدید و واکنش تندروها لغو شده است.
در روز ۱۸ اسفند ۱۳۹۴، برای سخنرانی به شیراز رفته بود که پس از ورود به فرودگاه با حمله موتورسواران روبه‌رو شد و با سنگ و گوجه مورد حمله قرار گرفت. او خواهان تشکیل پرونده و محاکمه کسانی شده بود که دستور این حمله را صادر کرده بودند. مطهری گفته بود دستوردهندگان عضو «یک نهاد رسمی و انقلابی» هستند.
دادگاه رسیدگی به موضوع حمله به علی مطهری در شیراز، هم حمله‌کنندگان به او را محکوم کرد و هم دعوت‌کنندگان از او. حکم حمله‌کنندگان تعلیقی بود اما حکم دعوت‌کنندگان قابل اجرا.
یکشنبه ۳۰ آبان گذشته نیز قرار بود علی مطهری به مناسبت اربعین و به دعوت مجمع مشورتی اصلاح‌طلبان استان خراسان رضوی در مشهد سخنرانی کند. اما این مراسم با دستور دادستانی مشهد و دخالت نیروی انتظامی لغو شد. لغو این سخنرانی با واکنش‌های مختلف مسئولان حکومتی ایران روبه‌رو شد.
علی مطهری اکنون گفته که اکنون منتظر گزارش کمیسیون شوراها در مورد حادثه مشهد است و مسببین حادثه شیراز نیز مشخص شده‌اند که باید با آنها برخورد شود.