در پی انتقادهای آیت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی به بازتاب پرونده «بورسیه‌های غیرقانونی» در رسانه‌ها، محمد فرهادی، وزير علوم، تحقيقات و فن‌آوری ایران روز یکشنبه ۱۴ تیر از تشکيل کميته‌ای برای بررسی دوباره پرونده بورسيه‌ها خبر داد.
وزیر علوم به خبرگزاری جمهوری اسلامی ایران (ایرنا) گفت که این کمیته برای «رفع نگرانی» و «پاسخ به دغدغه‌های» علی خامنه‌ای تشکیل می‌شود و در آن نمايندگان وزير علوم، وزير بهداشت، دبير شورای عالی انقلاب فرهنگی، نهاد نمايندگی رهبر جمهوری اسلامی در دانشگاه‌ها و رئيس کميسيون اصل ۹۰ مجلس شرکت خواهند داشت.
به‌گفته محمد فرهادی اين کميته طی مدت يک ماه پرونده بورسيه‌ها را در چارچوب ضوابط و مقررات، رسيدگی و نتايج قطعی را اعلام خواهد کرد.
شب گذشته، شنبه ۱۳ تیر، علی خامنه‌ای در ديدار با استادان و اعضای هیأت‌های علمی دانشگاه‌های ایران گفت: «تحقیقات دقیق نشان می‌دهد مسئله بورسیه‌ها، به آن شکلی که در روزنامه‌ها با آن بازی کردند نبود.»
او گفت حتی اگر مسأله به همین شکل هم بود نباید «سر و صدا و جنجال» درست می‌شد و باید از «راه‌های قانونی» به آن رسیدگی می‌شد.
رهبر جمهوری اسلامی طرح مسأله پرونده «بورسیه‌های غیرقانونی» در رسانه‌ها را «یکی از مصداق‌های سیاست‌بازی در دانشگاه‌ها» عنوان کرد و از این سخنان نتیجه گرفت که در این پرونده به عده‌ای «ظلم شده است».
از «بورسیه‌های غیرقانونی» به‌عنوان یکی از تخلفات دولت‌های نهم و دهم در عرصه علمی و آموزشی کشور یاد می‌شد که طی آن ۳۷۷۲ بورسیه، در سال‌های ۸۸ تا ۹۲ خورشیدی بدون آزمون و بدون طی مراحل قانونی و با اتکا بر سفارش و توصیه، به افرادی خاص اعطا شده بود.
این پرونده یکی از جنجالی‌ترین و پر سر و صدا‌ترین پرونده‌ها در وزارت علوم از زمان روی کار آمدن دولت حسن روحانی بود که منابع غیررسمی از آن به عنوان اصلی‌ترین دلیل استیضاح رضا فرجی دانا، وزیر پیشین علوم دولت روحانی و در پی آن برکناری‌اش در مجلس یاد می‌کنند.
برخی مقام‌های حکومتی ایران گفته بودند که ۱۰ نفر از نمایندگان مجلس نهم و ۱۰ نفر از نمایندگان مجلس هشتم از این «بورسیه‌های غیرقانونی» استفاده کرده‌اند.
وزارت علوم ایران پس از تحقیقات خود در زمینه «بورسیه‌های غیرقانونی»، سرانجام در آبان‌ماه سال گذشته در اطلاعیه‌ای اعلام کرد که ۸۶۳ مورد از بورسیه‌ها «غیرقانونی» بودند و لغو شدند.
تحقیقات وزارت علوم بر اساس گزارش‌ها و پیگیری‌های نهادهای نظارتی از جمله دیوان محاسبات کشور و سازمان بازرسی کل کشور و همچنین وزارت علوم انجام شده بود.