دادگاه میکونوس رای خود را پس از ۵ سال تحقیق و با حضور ۱۸۰ شاهد در آوریل ۱۹۹۷ صادر کرد. این رای در حیات جمهوری اسلامی و همچنین برای اپوزیسیون ایران، اهمیت تاریخی دارد. رای این دادگاه که برخلاف میل دولت آلمان در آن زمان صادرشد، انگشت اتهام را به طرف رهبران جمهوری اسلامی نشانه رفت و برای آيت الله خامنه ای، علی اكبر فلاحیان، هاشمی رفسنجانی و علی اكبر ولايتی، وزير سابق امور خارجه حكم دستگيری بين المللی صادر کرد. لازم به ذکر است این حکم هنوز هم اعتبار دارد.
اين حكم در نوع خود در سطح جهانی بی نظیر بود. چرا که دادگستری مسقل آلمان رای داد که رهبران يك حكومت، دستوردهندگان اين قتل ها بوده است. آن هم نه به دلايل مذهبی، بلكه با انگيزه های سياسی و برای حفظ قدرت. با این رای اتحادیه اروپا روابط سیاسی خود را با جمهوری اسلامی قطع کرد و شرط از سرگیری روابط را قول جمهوری اسلامی مبنی بر عدم ترور دوباره در خاک اتحادیه اروپا گذاشت. جمهوری اسلامی عقب نشینی کرد و از آن زمان تا به امروز حداقل در خاک اتحادیه اروپا تروری انجام نداد.
در جریان ترور میکونوس، در سپتامبر ۱۹۹۲، چهار نفر از هیات نمایندگی حزب دمکرات کردستان ایران، از جمله صادق شرافکندی، دبیرکل حزب ترور شد.
رادیو زمانه، به بهانه انتشار کتاب «ترور به نام خدا» که به تازگی از سوی پرویز دستمالچی، نویسنده و از بازماندگان این ترور منتشرشده، با او به گفتگو نشسته است.
[podcast]http://www.zamahang.com/podcast/2010/20130831_PanteA_MikonosMu.mp3[/podcast]