تغییرات اقلیمی و تامین نشدن حق‌آبه‌های طبیعی، حیات تالاب گاوخونی را در معرض نابودی قرار داده است. تالاب گاوخونی در فلات مرکزی ایران قرار دارد. بخش بزرگی از این تالاب در استان اصفهان و مابقی در استان یزد واقع شده است. تالاب گاوخونی در گذشته از سه منبع آبی از جمله رودخانه زاینده رود، رودخانه زرچشمه از کوه‌های جنوبی شهرضا و رودخانه ایزدخواست از استان فارس تامین می‌شده است.
خشکسالی و احداث سد رودخانه ایزدخواست در سال ۱۳۷۷ و رها نکردن حق‌آبه تالاب از دیگر دلایل خشکی گاوخونی است. تخریب پوشش گیاهی و چرای بی‌رویه شتر و تردد ماشین آلات و موتور در این منطقه مشکلات زیست محیطی بسیاری را برای این تالاب بوجود آورده است. به گفته کارشناسان محیط زیست، ادامه این روند می‌تواند تالاب گاوخونی را به کانون تولید گرد و غبار تبدیل کند.
