مدیر عامل شرکت فرودگاه‌ها و ناوبری هوایی ایران در واکنش به ساقط شدن هواپیمای مسافربری اوکراین توسط پدافند هوایی سپاه اعلام کرد که در روزهای گذشته موظف بوده‌اند برنامه‌های روتین پروازی را انجام دهند و از دیگر موضوعات بی‌اطلاع بوده‌اند. به نوشته خبرگزاری کار ایران (ایلنا)، سیاوش امیرمکری روز شنبه ۲۱ دی ماه در مورد چرایی عدم لغو پروازهای مسافربری در شب «عملیات انتقام سخت سپاه» گفت نهاد و افرادی باید نسبت به لغو و تاخیر در انجام پروازها اقدام کنند که از موضوعات مطلع هستند: «ما اختیار لغو یا تاخیر در پروازها به دلیل شرایط امنیتی در کشور را نداریم مگر اینکه از مرجعی به ما دستور بدهند.» او در ادامه گفت: «دستورالعمل لغو و تاخیر پروازها برای چنین موضوعاتی را پدافند اعلام می‌کند.» امیرمکری با اشاره تلویحی به ناهماهنگی میان مقامات سازمان هواپیمایی و نیروهای پدافند هوایی اذعان کرد: «ما در مقام متولی شرکت فرودگاه‌های کشور از شرایط مطلع نبودیم.» به گفته کارشناسان، عملکرد اشتباه پدافند هوایی نیروهای مسلح ایران پیش از این نیز سابقه داشته است. در اردیبهشت سال ۱۳۸۰ و پس از سقوط هواپیمای حامل رحمان دادمان، وزیر وقت راه و ترابری که منجر به کشته شدن او شد، برخی از منابع اعلام کردند هواپیمای حامل وزیر با شلیک اشتباهی پدافند هوایی ساقط شده است. مقامات جمهوری اسلامی هیچ‌گاه به این ادعا پاسخ رسمی ندادند. در زمان جنگ هشت ساله ایران و عراق و در مرداد ماه سال ۱۳۶۶ نیز هواپیمای جنگنده یکی از خلبانان متبحر و معروف ایرانی به نام عباس بابایی هدف پدافند خودی قرار گرفت و سرنگون شد. حسن روحانی، رئیس جمهوری ایران اما صبح روز شنبه ۲۱ دی بیانیه‌ای در تأیید شلیک پدافند هوایی سپاه به هواپیمای مسافربری اوکراین منتشر کرد و از مقامات نظامی خواست تا نسبت به رفع نقاط ضعف سامانه‌های پدافندی کشور اقدام کنند.