روزنامه کيهان چاپ تهران از آيت‌الله محمود هاشمی شاهرودی، رئيس هيأت عالی حل اختلاف و تنظيم روابط قوای سه گانه به دليل اينکه محمدشريف ملک‌زاده را به عنوان مشاور اجرايی خود در بنياد فقه و معارف اهل بيت منصوب کرده، انتقاد کرد.
کيهان در شماره ۱۰ ارديبهشت ۱۳۹۱ نوشت: “دو روز پيش خبرگزاری ايرنا با انتشار خبری مدعی شد که آيت‌الله هاشمی شاهرودی، محمدشريف ملک‌زاده را به عنوان مشاور اجرايی خود منصوب کرده است. اگرچه روشن بود که هدف ايرنا از اين خبر تحت‌الشعاع قراردادن اقدام سؤال‌برانگيز آقای رئيس‌جمهور در صدور حکم مشاورت برای ملک‌زاده است ولی دفتر آيت‌الله هاشمی شاهرودی تاکنون به نحوی غيرقابل توجيه در اين باره سکوت کرده است.”
انتصاب ملک‌زاده از اين نظر دارای اهميت است که آيت‌الله شاهرودی عضو مجلس خبرگان رهبری و عضو شواری نگهبان قانون اساسی ايران است
اين روزنامه که مديرش توسط آيت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی ايران منصوب می‌شود، افزوده است: “پيگيری‌های کيهان تاکنون درباره صحت اين خبر به هيچ قرينه قابل اعتنايی نرسيده ولی با توجه به جايگاه رفيع آيت‌الله هاشمی شاهرودی در مقام رئيس شورای عالی حل اختلاف قوا و ضرورت مبرا ماندن اين جايگاه از شائبه‌های اينچنينی لازم است دفتر ايشان هر چه سريع‌تر در اين باره روشنگری نمايد.”
دو روز پيش خبرگزاری جمهوری اسلامی (ايرنا) خبر اين انتصاب را منتشر کرد.
انتصاب ملک‌زاده از اين نظر دارای اهميت است که آيت‌الله شاهرودی عضو مجلس خبرگان رهبری و عضو شواری نگهبان قانون اساسی ايران است.
عضويت شاهرودی در شورای نگهبان و رياستش بر هيأت عالی حل اختلاف و تنظيم روابط قوای سه‌گانه با حکم آيت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر ايران صورت گرفته است.
ملک‌زاده هفته گذشته نيز به عنوان مشاور محمود احمدی‌نژاد، رئيس‌جمهوری ايران منصوب شد.
منتقدان دولت ايران از ملک‌زاده به عنوان عضو “جريان انحرافی” نام می‌برند و می‌گويند اين جريان با هدف “تضعيف ولايت و روحانيت” شکل گرفته است.
“جريان انحرافی” توصيفی است که اصول‌گرايان منتقد دولت درباره اسفنديار رحيم مشايی و هم‌فکران وی به کار می‌برند.
بر پايه همين اتهام، ملک‌زاده سال گذشته بازداشت شد. وی چند روز پس از آن بازداشت شد که از سوی علی‌اکبر صالحی، وزير خارجه ايران به عنوان معاون مالی و ادارای اين وزارت‌خانه منصوب گرديد.
با اين حال ملک‌زاده پيش از آنکه بازداشت شود با فشار نمايندگان مجلس و تهديد به استيضاح صالحی، از سمتش در وزارت خارجه استعفا کرد.