نامه پرعتاب آیت‌الله محمد یزدی، دبیرکل جامعه مدرسین حوزه علمیه قم به آیت‌الله سید موسی شبیری زنجانی در انتقاد از دیدار زنجانی با با برخی سران جریان اصلاح‌طلب از جمله محمد خاتمی رئیس دولت اصلاحات پربازتاب بود. اصلاح‌طلبان از لحن آمرانه یزدی به یک مرجع تقلید شیعه انتقاد کرده بودند. یکی از شاگردان آیت‌الله شبیری زنجانی به شفقنا گفته است، این مرجع تقلید فعلاً نظری درباره نامه محمد یزدی ندارد و ترجیح می‌دهد سکوت کند.«طلاب و شاگردان ایشان، پاسخ می‌دهند.»