اختلاف بنیاد مستضعفان و موسسه نشر آثار امام بر سر یک ملک مصادره‌ای، به تخلیه دفتر خاتمی انجامیده است. جواد امام، مدیرعامل بنیاد باران می‌گوید خاتمی دفتر جدید ندارد و دولت روحانی که بنابر قانون وظیفه داشت به او دفتری بدهد، تا کنون اقدامی انجام نداده است.
به گزارش خبرگزاری کار ایران (ایلنا)، جواد امام، مدیرعامل بنیاد باران گفته محمد خاتمی دبیر «کنگره بین‌المللی حضرت امام» است و از طرف «موسسه نشر آثار حضرت امام» در این دفتر مستقر بوده است. جواد امام درباره علت تخلیه دفتر خاتمی هم گفت:
«بحث تخلیه دفتر به یک اختلاف میان موسسه نشر آثار حضرت امام و بنیاد مستضغفان بازمی‌گردد، در گذشته هم این اتفاق افتاده است و از مدت‌ها قبل به موسسه فشار آوردند تا این دفتر را پس بگیرند».
جواد امام با انتقاد از حسن روحانی رئیس جمهوری فعلی نیز گفته «بر اساس مقرراتی که وجود دارد دولت موظف است برای استقرار روسای‌جمهور سابق خود محلی را تدارک ببیند اما متاسفانه تاکنون این کار را انجام نداده است».
به گفته جواد امام، خاتمی «در حال حاضر جایی مشخص ندارد و ما در حال جمع‌آوری وسایل هستیم».
او همچنین درباره سابقه فشار بر خاتمی بر تخلیه دفترش گفت: «درگذشته و در دولت احمدی‌نژاد این فشارها را آوردند و با قطع آب، برق و تلفن دفتر خواستار ترک آن‌جا شدند».
چندی پیش، پس از آنکه مشخص شد حسن فیروزآبادی، رئیس سابق ستاد کل نیروهای مسلح جمهوری اسلامی ایران دهه‌هاست در ویلایی مصادره‌ای زندگی می‌کند، توجه افکار عمومی به محل کار محمد خاتمی نیز جلب شد. دفتر خاتمی که اکنون در حال تخلیه است، ویلای مصادره‌ای منوچهر اقبال، نخست وزیر دوران محمدرضا شاه است که بنیاد مستضعفان و موسسه نشر آثار حضرت امام بر سر آن اختلاف دارند. بعدتر اما گفته شد این دفتر منزل سابق هوشنگ انصاری، مدیرعامل شرکت ملی نفت ایران و وزیر اقتصادی دارایی در سال‌های منتهی به انقلاب بود که در دوران جمهوری اسلامی مصادره شد.