از دوران پهلوی دوم تا عصر حاضر، بهاییان بزرگ‌ترین اقلیت دینی در ایران به شمار می‌روند (آمار‌ها به سکونت ۳۰۰ هزار شهروند بهایی در ایران اشاره دارند). هر چند تعداد پیروان آیین بهایی از کثرت جمعیت بالایی نسبت به سایر ادیان در ایران برخوردار هستند اما همواره با نقض حقوق شهروندی مواجه بوده‌اند.
اخراج شهروندان بهایی از محل کار، نشر کتب و پخش سخنرانی‌های توهین‌آمیز از منابر و رادیو علیه آن‌ها بدون اجازه پاسخگویی از جانب بهاییان، تخریب یک مکان مذهبی در تهران و …، از جمله موارد نقض حقوق بهاییان در دوران پهلوی دوم بوده است.
پس از تاسیس حکومت اسلامی در ایران اما بهاییان با شدید‌ترین موارد نقض حقوق بشر مواجه شدند و رفتار حکومت ایران با شهروندان بهایی، فقط به نقض چند مورد از حقوق شهروندان محدود نماند و شرایط به گونه‌ای پیش رفت که نشان داد حاکمیت جدید ایران قصد سرکوب کامل و از بین بردن بهاییان کشور را دارد.
هر چند از نخستین روزهای پس از پیروزی انقلاب اسلامی، بازداشت، اخراج، تخریب و مصادره اماکن مذهبی پیروان آیین بهایی آغاز شد، اما عدم شناخته شدن دین بهایی به عنوان اقلیت دینی در قانون اساسی جمهوری اسلامی موجب شد تا حکومت و نهاد‌ها و افراد نزدیک به آن، در ۳۷ سال گذشته، خود را در اِعمال هر گونه فشار و آزاری بر شهروندان بهایی محق بدانند و پاسخگوی نهاد‌ها و مراجع قانونی هم نباشند.
به زعم حاکمیت به دلیل رسمیت نیافتن آیین بهایی در قانون اساسی جمهوری اسلامی، فردی به عنوان شهروند بهایی در ایران شناخته نمی‌شود و فقط لطف و عطوفت اسلامی حکومت است که اجازه داده ایرانیانی خود را بهایی بنامند و به این نام در محدوده جغرافیایی ایران زندگی کنند.
این سخن که بارها از سوی سخنگویان جمهوری اسلامی گفته و شنیده شده است، در واقع پایه و توجیه کننده هر گونه آزار و فشاری بوده که در این سال‌ها بر شهروندان بهایی ایران وارد شده است.
بر این اساس، یک شهروند بهایی در ایران شهروند درجه سه هم محسوب نمی‌شود و پیروان آیین بهایی در ایران مستحق هر نوع محرومیت و آزاری هستند و حق هر گونه داد‌‌خواهی و اعاده حق و حیثیت از ایشان سلب شده است.
بهاییان و حقوق بشر
جمهوری اسلامی ایران یکی از امضا‌کنندگان اعلامیه جهانی حقوق بشر و میثاق‌های بین‌المللی است اما بی‌توجه به تعهدات بین‌المللی همچنان به نقض گسترده و آشکار حقوق شهروندان بهایی اقدام می‌کند. طبق بندهای ۱۸ و ۱۹ اعلامیه جهانی حقوق بشر، هر شخص حق دارد از آزادی اندیشه، وجدان و دین بهره‌مند شود.
همچنین در بند یک ماده ۱۹ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی و سیاسی عنوان شده که هیچ فردی را نمی‌توان به واسطه عقایدش مورد محرومیت و مزاحمت قرار داد.
به شهروندان بهایی در ایران اما اجازه تحصیل در دانشگاه‌های ایران داده نمی‌شود. هیچ شهروند بهایی امکان پیشرفت در زمینه‌های علمی، هنری و ورزشی ندارد. در اواخر دهه ۵۰ خورشیدی، کلیه بهاییان از مراکز و اداره‌های دولتی اخراج شدند و این تبعیض همچنان وجود دارد. از ابتدای تاسیس جمهوری اسلامی در ایران صدها شهروند بهایی به اتهام‌های عقیدتی بازداشت و بیش از ۲۰۰ نفر به جوخه اعدام سپرده شدند.
بند یک ماده ۱۸ میثاق بین‌المللی حقوق مدنی به روشنی بیان می‌کند که هر انسان از حق آزادی انتخاب مذهب و اعتقادات خویش برخوردار است. همچنین ابراز مذهب و اعتقاد و انجام مراسم مذهبی از حقوق مسلم بشر شناخته شده است.
کلیه اماکن مذهبی بهاییان اما مصادره یا تخریب شده‌اند. گورستان‌های بهایی را تخریب یا به نقاط دورافتاده و صعب‌العبور منتقل کرده‌اند.
در ماه‌های گذشته، ده‌ها محل کسب بهاییان به دلیل تعطیل کردن در روزهای مذهبی آیین بهایی، پلمپ شدند. در سال‌های اخیر هم تعداد زیادی از شهروندان بهایی به واسطه ابراز عقیده، متهم به تبلیغ علیه نظام و محکوم به حبس شده‌اند.
بانی دوگال (نماینده ارشد جامعه جهانی بهایی در سازمان ملل) با اشاره به تداوم نقض حقوق شهروندان بهایی در دولت حسن روحانی می‌گوید: «نقض حقوق بشر در ایران متاسفانه به‌طور بی‌وقفه‌ای از زمان به قدرت رسیدن آقای روحانی در جریان بوده و با دستگیری‌های مستمر و بستن مغازه‌ها کاملا قابل مشاهده است.»
خانم دوگال همچنین می‌گوید: «مشخص نیست تا چه زمانی بهاییان باید در ایران مورد تبعیض قرار بگیرند، اجازه اشتغال و تحصیل از آن‌ها سلب شود و حتی نتوانند اجساد درگذشتگان خود را بدون هراس دفن کنند.»
دفتر جامعه جهانی بهایی در مقر سازمان ملل متحد، بارها درخواست دیدار با نمایندگان جمهوری اسلامی کرده اما ایشان فقط در صورتی حاضر به ملاقات هستند که موضوع گفت‌وگو، بهاییان ایران نباشند (به نقل از سخنگویان جامعه جهانی بهایی).
در سه دهه گذشته، جمهوری اسلامی بارها و بارها از سوی مجامع بین‌المللی و حقوق بشری در مورد نقض حقوق شهروندان بهایی مورد عتاب و سرزنش قرارگرفته است (قطعنامه کمیته سوم مجمع عمومی سازمان ملل در محکومیت ایران به نقض حقوق شهروندان و ابراز نگرانی اعضای پارلمان اروپا از سرکوب اقتصادی بهاییان، آخرین این موارد هستند) اما حکومت ایران همواره این موضوع را انکار کرده است.
در سال‌های اخیر، تنها پاسخ حکومت ایران در زمینه نقض حقوق شهروندان بهایی، رعایت حقوق بشر اسلامی در مورد بهاییان بوده است که حقوق بشر اسلامی، چیزی نیست جز حق زیستن در ایران برای ایرانیانی که پیرو دین بهایی هستند، بدون برخورداری از هر گونه حق شهروندی نظیر تحصیل، اشتغال و آزادی بیان.