به موازات افشای زندان‌های مخفی سیا در کشورهای دیگر، مقامات پنتاگون بر تحویل بازداشتگاههای خود در افغانستان تاکید می‌کنند. اشرف‌غنی سند شکنجه‌های سیا را هولناک خواند.
وزارت دفاع و وزارت خارجه ایالات متحده اعلام کرده‌اند که مسـئولیت نگهداری از متهمان دستگیر شده در کشور ثالث را به خود افغان‌ها سپرده‌اند. مقامات پنتاگون می‌گویند آمریکا دیگر هیچ زندانی و بازداشتگاهی در افغانستان ندارد و کلیه زندان‌ها از اول ژانویه ۲۰۱۵ به طور کامل تحت نظارت نیروهای امنیتی افغان اداره خواهند شد.
پنتاگون خبر تحویل زندان‌ها و سپردن مسئولیت زندانیان به مقامات افغانستان را پس از انتشار سند شکنجه «سیا» اعلام می‌کند. این اعلام می‌تواند به معنای سلب مسئولیت پیشاپیش مقامات آمریکایی نیز باشد. بسیاری از زندانیان مظنون به اقدامات تروریستی و همکاری در عملیات طالبان و القاعده، در زندان‌های افغانستان نگهداری شده‌اند.
زندان بگرام در نزدیکی کابل، مهم‌ترین بازداشتگاهی بود که توسط نیروهای آمریکایی اداره می‌شد. این زندان، محل بازجویی و نگهداری متهمانی از کشور ثالث از جمله پاکستان بود. مسئولیت پایگاه بگرام، در مارس ۲۰۱۳ به مقامات محلی افغانستان واگذار شد.
حامد کرزی، رئیس جمهور وقت افغانستان، در ژانویه سال جاری میلادی، ۳۷ زندانی مظنون به همکاری با طالبان و القاعده را به دلیل کمبود مدارک کافی از زندان بگرام آزاد کرد. کرزی در زمان بررسی پرونده این افراد گفت که زندان بگرام در زمان اداره آن توسط آمریکایی‌ها «کارخانه طالب‌سازی» بود.
اقدام کرزی در آزاد کردن این عده با انتقاد شدید ناتو و آمریکا مواجه شد و امضای توافق‌نامه امنیتی بین افغانستان و آمریکا را به تعویق انداخت. کرزی تا زمان پایان ریاست جمهوری خود حاضر به امضای این موافقت‌نامه نشد.
اشرف غنی احمد‌زی، رئیس جمهور جدید افغانستان که این توافق‌نامه را امضا کرده، شکنجه زندانیان افغان توسط «سیا» را محکوم ساخته و سند منتشر شده را هولناک خوانده است.
اشرف غنی در یک سخنرانی تلویزیونی گفت شکنجه سازمان «سیا» در زندان آمریکایی کشورش را نقض تمام هنجارهای پذیرفته شده جهانی می‌داند. او در ادامه گفت می‌خواهد بداند که چه تعداد افغان با شکنجه‌های تحقیرآمیز و دردناک در زندان مخفی سیا در کشورش بازجویی شده‌اند.
بیشتر بخوانید: محکومیت جهانی شکنجه‌گری «سیا»
انتشار سند ۵۰۰ صفحه‌ای شکنجه‌های سیا موجی از انتقاد و اعتراض علیه دستگاه اطلاعاتی آمریکا به راه انداخته است. سازمان‌های حقوق بشری و حتی دولت‌هایی که خود ناقض حقوق بشر هستند، روش‌های «سیا» در بازجویی و اعتراف‌گیری از متهمان را محکوم کرده‌اند. این سند تنها گوشه‌ای از یک گزارش محرمانه ۶۰۰۰ صفحه‌ای است که به ابتکار سناتورهای دمکرات آمریکایی تهیه شده است.
بخشی از بازجویی‌ها در بازداشتگاههای مخفی و با کمک دو شرکت خصوصی بیرون از «سیا» انجام می‌شدند که ۸۰ میلیون دلار نیز مخارج آنها بوده است. «سیا» برای برخی از بازجویی‌ها از زندان‌هایی در کشورهای دیگر استفاده کرده؛ از جمله در تایلند و لهستان.
جلوگیری از خواب زندانیان برای روزهای متمادی، کوبیدن سرشان به دیوار، نگهداری آنها در سرمای زیر صفر و شکنجه به روش «واتر بوردینگ» یا سوءاستفاده‌های جنسی، از نمونه‌هایی هستند که در سند مربوطه آمده‌اند.