مجلس خبرگان رهبری، نهادی که طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی می‌تواند رهبر کنونی را عزل و رهبر جدید انتخاب کند با انتشار بیانیه‌ای با ابراز ارادت و وفاداری به علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی، انتشار «شبهات» در مورد برنامه جانشینی مجتبی خامنه‌ای را بدون نام بردن از او رد کرده است.
به تازگی میرحسین موسوی در مورد خطر «موروثی شدن رهبری» هشدار داده و خطاب به علی خامنه‌ای و پیروانش این جمله عطاب‌آمیز خمینی را به کنایه نقل کرده بود که «اگر شاهنشاهی هستید بگویید.»
در بیانیه اجلاس دهم از دور پنجم مجلس خبرگان رهبری که روز چهارشنبه ۱۶ شهریورماه منتشر شد، علی خامنه‌ای «فقیهی عادل، حکیم و مدبر» توصیف شده است که «پیشرفت‌های عظیم» جمهوری اسلامی «در حوزه های مختلف علمی، فن‌آوری، صنعتی و دفاعی» مرهون رهبری او خوانده شده است.
بلافاصله در دنباله این بخش از بیانیه موضوع فرزند علی خامنه‌ای و خبرها در مورد برنامه جانشینی‌اش البته به صورت سربسته اشاره شده است.
مجلس خبرگان رهبری «شبهات مغرضانه و دامن زدن به برخی جوسازی‌های بی‌پایه و اساس» را «نقشه شوم استکبار و ایادی آن‌ها»، خوانده که هدفش تضعیف جایگاه رهبری در جمهوری اسلامی است. در ادامه هم بی‌آنکه موضعی صریح در رد جانشینی مجتبی خامنه‌ای و موروثی شدن نهاد ولایت فقیه بگیرد تنها به این بسنده شده است که ذات «این مجلس وزین» با «شایسته‌گزینی و انتخاب اصلح» گره خورده است.
علی خامنه‌ای ۸۳ ساله است و هنوز جانشینی برای دوران پس از مرگش تعیین نشده است. سمت قائم‌مقام رهبری که در چهار سال آخر زندگی روح‌الله خمینی و بر اساس مصوبه مجلس خبرگان رهبری وجود داشت، پس از مرگ او بلاتکلیف ماند و اکنون ۳۳ سال پس از رهبری علی خامنه‌ای وضعیت عالی‌ترین مقام جمهوری اسلامی پس از مرگ او نامشخص است. طبق قانون اساسی، مجلس خبرگان رهبری در صورت عزل یا مرگ رهبر، وظیفه انتخاب رهبر جدیدی را برعهده دارد.
از انتخابات جنجالی ریاست‌جمهوری ۱۳۸۴، موضوع دخالت گسترده مجتبی خامنه‌ای در حساس‌ترین پروژه‌های سیاسی جمهوری اسلامی شنیده می‌شود. مهدی کروبی یکی از ناکامان آن انتخابات در نامه‌ای به خامنه‌ای به صراحت برآمدن محمود احمدی‌نژاد را نتیجه صحنه‌گردانی مجتبی خامنه‌ای دانست. مجتبی پسر دوم رهبر جمهوری اسلامی و ۵۳ ساله است. پدرش در ۵۰ سالگی به مقام رهبری رسید و اکنون گفته می‌شود که مقدمات رهبری مجتبی هم در حال طی شدن است.
مجتبی از سال ۱۳۸۸ تدریس درس خارج فقه را آغاز کرده است. تدریس خارج فقه پیامی روشن برای روحانیون دارد: درجه حوزوی مجتبی خامنه‌ای «آیت‌اللهی» است. آیت‌الله بودن مانعی بر سر راه پدرش در سال‌های اولیه رهبری بود. پدرش با ضرب و زور نهادهای امنیتی و سرکوب روحانیان مخالف در قم و تهران پس از جلوس بر صندلی رهبری بر این مانع غلبه کرد و «حجت‌الاسلام» در مدت کوتاهی «آیت‌الله» و پس از آن «آیت‌الله العظمی» شد. مجتبی این مانع را بر سر راه ندارد ولی برای رهبر شدن نه تجربه مدیریت رسمی در جمهوری اسلامی دارد و نه مدیریت واکنش‌ها به «موروثی‌شدن رهبری» و مهار بحران‌های ناشی از «تأسیس خلافت» کار آسانی است.
در میان چهره‌‌های جمهوری اسلامی، موضوع رهبری مجتبی خامنه‌ای پرمناقشه است. برخی آن را ناممکن می‌دانند. برخی دیگر کاملاً محتمل و حتی قطعی. کسانی که می‌گویند مجتبی رهبر نمی‌شود عمدتاً به همین دو مانع یعنی سابقه مدیریت نداشتن و ناممکن بودن موروثی‌شدن قدرت اشاره می‌کنند. مخالفان و شکاکان اما طیفی از موضوعات را پیش می‌کشند. برخی مجتبی خامنه‌ای را رهبر در سایه یا فرمانده دولت سایه در جمهوری اسلامی می‌دانند. برخی دیگر به ساختار دستگاه رهبری در دوره خامنه‌ای و مقایسه آن با بیت خمینی اشاره می‌کنند و حضور مؤثر مجتبی در این دستگاه را نشانه برنامه‌ریزی برای رهبری آینده می‌دانند. هستند کسانی هم که به منش سیاسی علی خامنه‌ای ارجاع می‌دهند و می‌گویند کسی که دامنه مطلق بودن قدرتش آنقدر وسیع است که درباره لیست برندگان جایزه کتاب سال، سرمربی تیم ملی فوتبال و هزار موضوع جزئی دیگر دخالت می‌کند، امکان ندارد به سرنوشت فرزند محبوبش و آینده رهبری بی‌توجه باشد.
در نظرسنجی اخیر «زمانه»، ۳۸,۵ درصد پاسخ‌دهندگان گفته‌اند اگر ساختار فعلی حکومت پس از مرگ علی خامنه‌ای تداوم یابد، مجتبی خامنه‌ای رهبر خواهد شد. ۳۶,۵ درصد اما بختی برای رهبری او قائل نیستند. ۷۶ درصد پاسخ‌دهندگان مخالف هر نوع حکومت موروثی، چه دینی و چه سکولارند و آن را موجد فساد و نابرابری نهادینه می‌دانند.