زاینده‌رود مهم‌ترین منبع رسیدن آب به گاوخونی است. این تالاب منطقه‌ای را به وسعت ۴۷۶ کیلومتر مربع پوشانده و در ۱۶۷ کیلومتری جنوب شرق اصفهان در کنار شهر ورزنه واقع شده است.
تالاب گاوخونی در گذشته از سه منبع آبی شامل رودخانه زاینده رود، رودخانه زرچشمه از کوه‌های جنوبی شهرضا و رودخانه ایزدخواست از استان فارس تامین می‌شده است.
برداشت بی‌رویه و غیرقانونی، کاهش آب ورودی، تغییر اقلیم و خشکسالی از جمله چالش‌هایی هستند که حیات این تالاب را به خطر انداخته است. به گفته مسوولان و کارشناسان محیط زیست، ادامه این روند می‌تواند تالاب گاوخونی را به کانون تولید گرد و غبار تبدیل کند.
اعطای مجوز حفر چاه‌های عمیق و سوء مدیریت آب به نفع کشاورزی و صنعت در بحرانی‌شدن وضعیت بسیاری از تالاب‌های ایران نقش داشته است.
