سعید مرتضوی فقط قاضی و دادستان تهران نبود. او مدتی هم مدیر عامل سازمان تأمین اجتماعی بود. مرتضوی در بخش دوم پرونده تخلفاتش در زمانی که تصدی سازمان تأمین اجتماعی را به عهده داشت، در شعبه ۱۰۵۷ دادگاه کارکنان دولت به ریاست قاضی حیدری، به اتهام تصرف غیرقانونی و اهمال در انجام وظیفه به ترتیب به تحمل ۷۰ و ۶۵ ضربه شلاق محکوم شده بود. اما حکم ۶۵ ضربه شلاق او بخشیده شد و در مجموع در پرونده تامین اجتماعی، فقط به ۷۰ ضربه شلاق بابت تصرف غیرقانونی محکوم و از سایر اتهامات تبرئه شد.