شکیلا منفرد از دوم تیرماه به مدت پنج روز به مرخصی درمانی آمده و مراحل درمانش هنوز تمام نشده بود. به گزارش هرانا، ارگان خبری مجموعه فعالان حقوق بشر در ایران، این زندانی سیاسی جهت تکمیل مراحل درمان خود از دادستانی درخواست تمدید مرخصی کرده بود که مقام‌های قضائی به او اعلام کردند نامه به دادسرای ناحیه‌ هشت تهران ارسال شده است. روز چهارشنبه شکیلا منفرد پیش از اینکه برای انجام آزمایشات آندوسکوپی به بیمارستان برود به دادسرا مراجعه کرد. منفرد در آنجا مطلع می‌شود که بازجوی پرونده‌اش گفته باید به زندان برگردد. سپس دو سرباز با ضرب‌وشتم این فعال سیاسی را بازداشت و به زندان اوین منتقل کردند. نیروهای امنیتی ۱۰ شهریورماه ۱۳۹۹ شکیلا منفرد را هنگام خروج از منزلش در تهران بازداشت و ابتدا به یکی از بازداشتگاه‌های سازمان اطلاعات سپاه در تهران منتقل کردند. گفته می‌شود بازداشت او بدون ارائه‌ حکم قضایی صورت گرفته بود. شکیلا منفرد ۱۹ شهریورماه ۹۹ و پس از پایان مراحل بازجویی به قرنطینه بند زنان زندان اوین منتقل شد و نهایتاً در ۲۴ شهریور با تودیع قرار وثیقه ۴۰۰ میلیون تومانی به صورت موقت و تا پایان مراحل دادرسی از زندان اوین آزاد شد. جلسه‌ی دادگاه رسیدگی به اتهامات شکیلا منفرد، آرشام رضایی و محمد ابوالحسنی از بابت پرونده‌ای مشترک یکم بهمن‌ماه ۹۹ در شعبه‌ ۲۶ دادگاه انقلاب تهران برگزار شد. شکیلا منفرد پس از پایان جلسه‌ دادگاه به دست مأموران اطلاعات سپاه بازداشت و به زندان منتقل شد. شعبه‌ ۲۶ دادگاه انقلاب تهران به ریاست قاضی ایمان افشاری، منفرد را به اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام و توهین به مقدسات اسلام» به شش سال حبس تعزیری و چهار ماه کار اجباری در جهاد کشاورزی محکوم کرد. نهایتاً شعبه‌ ۳۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران او را به چهار سال و دو ماه حبس قطعی محکوم کرد. در دی‌ماه ۱۴۰۰، شکیلا منفرد از بابت پرونده‌ای که در دوران حبس برای او باز شده بود، در شعبه‌‌ ۲۶ دادگاه انقلاب تهران محاکمه و نهایتاً در خرداد ۱۴۰۱، با حکم شعبه‌ ۳۶ دادگاه تجدیدنظر استان تهران از بابت اتهام «عضویت در گروه‌های مخالف نظام» به دو سال و هشت ماه حبس تعزیری و از بابت اتهام «نشر اکاذیب» به پرداخت ۱۰ میلیون تومان جزای نقدی محکوم شد.