در خلال تحلیل‌ها و آسیب‌شناسی‌های مرتبط با پدیده سیل اخیر در کشور، موضوع پخش و انتشار آلودگی‌های ناشی از سیل کمتر موردتوجه قرار گرفته است. علاوه بر این‌که سیل مسبب ایجاد خسارات فراوانی به زیرساخت‌ها شده است، وقوع آن موجب اختلال در بسیاری از فعالیت‌ها و روندهای معمول بهداشتی- زیست‌محیطی همانند امر مهم جمع‌آوری و تصفیه فاضلاب نیز شده‌است. به‌عبارت‌دیگر، آسیب‌ها و پیامدهای سیل در شهرها و مناطق درگیر، فراتر از تخریب راه‌ها، ساختمان‌ها، زمین‌های کشاورزی و باغات است. جنبه مغفول مانده این پدیده، انتشار گسترده آلودگی‌ها و پیامدهای بهداشتی و زیست‌محیطی ناشی از سیل است. این امر سبب تهدید سلامتی عمومی از طریق تماس مستقیم افراد با منابع آلودگی و یا از طریق ناقلین خواهد شد. ریشه آلودگی‌های انتشاریافته ناشی از سیل را می‌توان در دو بخش عمده بررسی کرد. اول انتقال و انتشار آلودگی‌های ناشی از فعالیت‌های کشاورزی و کاربرد کود و سموم در زمین‌های کشاورزی که در معرض سیل قرار داشته و به‌واسطه آن به پایین‌دست انتقال یافته و منتشر می‌شود و دوم اختلال در مدیریت ایمن فاضلاب‌های شهری و صنعتی و انتشار آلودگی‌های ناشی از آن.
استفاده از کودها و سموم در باغات و اراضی کشاورزی به‌صورت معمول صورت می‌پذیرد. اغلب این نهاده‌های کشاورزی سمی و دارای قابلیت انحلال‌پذیری و -در برخی موارد- نیمه‌عمر بسیار بالایی هستند. به همین دلیل در صورت راه‌یابی آن‌ها به محیط‌های آبی به‌سرعت انتشار می‌یابند. در پاره‌ای از موارد با توجه به هم‌زمانی استفاده از سموم در زمین‌های کشاورزی و باغات با سیل اخیر، احتمال انتشار آلودگی‌ها به‌شدت افزایش یافته است. البته با توجه به حجم بالای آب و رقیق شدن این سموم، مخاطرات مرتبط با این منابع ممکن است به مراتب کمتر از مخاطرات ناشی از فاضلاب‌های شهری و صنعتی باشد.
سامانه‌های مدیریت فاضلاب شهری در کشور شامل شیوه‌های سنتی (همانند چاه‌های جذبی و سپتیک تانک‌ها) و شیوه‌های متداول (جمع‌آوری، انتقال و تصفیه در تصفیه‌خانه‌های فاضلاب) است. در استان‌های درگیر سیل از روش‌های سنتی و متداول مدیریت فاضلاب استفاده می‌شود. در حال حاضر پدیده سیل در این استان‌ها سبب ایجاد اختلال در روند هریک از این سیستم‌ها شده است. در سیستم‌های سنتی و درجا که اصولاً بر اساس دفع فاضلاب در زمین و تخلیه لجن باقی‌مانده توسط تانکرهای لجن‌کش است، وقوع سیل باعث بالا آمدن و پر شدن چاه‌ها و مخازن و نهایتاً سرریز آن در محل می‌شود. در مناطقی که تحت پوشش شبکه‌های جمع‌آوری و تصفیه فاضلاب نیستند، دفع فاضلاب معمولا در خانه‌ها (به‌صورت مجزا و در محل زندگی) صورت می‌پذیرد. در این مناطق سرریز شدن فاضلاب در محل پیرامون سبب تماس غیر محافظت‌شده و مستقیم افراد با فاضلاب و ایجاد مخاطرات جدی در سلامتی و بهداشت ساکنین خواهد شد. پیامد مستقیم این اتفاق شیوع بیماری‌های عفونی و پوستی است.
از سوی دیگر در مناطقی که دارای شبکه‌های جمع‌آوری و انتقال فاضلاب به تصفیه‌خانه و یا تخلیه بدون تصفیه در منابع پذیرنده مانند رودخانه‌ها و دریا هستند، در صورت در نظر نگرفتن معیارهای اصولی و فنی در اجرای سیستم‌های جمع‌آوری، پس از وقوع سیل، پس‌زدگی فاضلاب در نقاط مستعد کاملاً محتمل خواهد بود. این پس‌زدگی علاوه به ایجاد جنبه‌های بصری، شهودی و روانی (مانند شناور شدن لجن و باقی ماندن آن در سطوح پس از فروکش کردن آب و همچنین انتشار بوی شدید) قطعاً با پیامدهای بهداشتی (در اثر تماس مستقیم شهروندان و نیز انتقال بیماری‌ها توسط ناقلین) همراه خواهد بود. به طور مثال بخش قابل‌توجهی از فاضلاب شهر اهواز در مناطق مختلف پس از جمع‌آوری مستقیماً به داخل رودخانه کارون تخلیه می‌شود. به همین دلیل در نقاط مختلفی از شهر اهواز، پس از وقوع سیل سطح آب رودخانه کارون بالاتر از سطح خروجی لوله تخلیه فاضلاب قرار گرفته و این افزایش سطح باعث پس‌زدگی فاضلاب از منهول‌ها و شبکه فاضلاب در مناطقی همچون کیان‌آباد، کیان پارس، لشکرآباد، گلستان و پردیس (در شکل مشخص شده‌اند) شده است و در صورت انجام نشدن کارهایی همچون پمپاژ و بایپس فاضلاب در روزهای آتی سبب ایجاد مخاطرات عدیده‌ای خواهد شد.
با نگاهی به مدیریت فاضلاب‌های شهری در استان‌های گلستان، لرستان و خوزستان (که بیشتر از سایر استان‌ها با پدیده سیل فروردین ۹۸ درگیر بوده‌اند)، درمی‌یابیم که در استان‌های مذکور، میانگین بهره‌مندی جمعیت از تأسیسات جمع‌آوری و تصفیه فاضلاب در حدود ۴۵ تا ۶۰ درصد بوده است (برگرفته از آخرین آمار عملکرد شرکت‌های آب و فاضلاب). در کل کشور نیز این نسبت برای جمعیت ساکن شهری نزدیک به ۵۰ درصد است. بدیهی است که اجرای سیستم‌های اصولی مدیریت فاضلاب علاوه بر ارتقای وضعیت بهداشتی و زیست‌محیطی، توانایی ارتقاء ضرایب ایمنی و کاهش ریسک مواجهه با آثار بهداشتی پدیده‌هایی همچون سیل و زلزله را در پی خواهد داشت.
