محمود واعظی، رئیس‌دفتر رئیس‌جمهوری خبر استعفای رئیس سازمان برنامه و بودجه را کمی پس از اعلام استعفا از سوی خود او تکذیب کرد و گفت: «استعفای دکتر نوبخت از سازمان برنامه و بودجه را تکذیب می کنم و آنچه رسانه‌ها از قول ایشان نقل کرده اند به هیچ وجه صحت ندارد.» محمدباقر نوبخت صبح چهارشنبه سوم مرداد در حاشیه نشست اعضای دولت به خبرنگاران گفت که استعفای خود را از همه مقام‌های اجرایی به حسن روحانی، رئیس‌جمهوری تقدیم کرده است. هیأت دولت امروز در یک رأی‌گیری عبدالناصر همتی، استاد اقتصاد دانشگاه تهران و رئیس‌کل پیشین بیمه مرکزی و رئیس سابق بانک ملی را به جانشینی ولی‌الله سیف در ریاست بانک مرکزی برگزید. این تغییر پس از هفته‌ها فشار بر روحانی برای «ترمیم» تیم اقتصادی کابینه صورت گرفت. نوبخت یکی دیگر از اعضای این تیم است که بر اساس گمانه‌زنی‌های رسانه‌های ایران قرار است ریاست سازمان برنامه و بودجه را ترک کند. روزنامه «سازندگی» چهارشنبه روی جلد خود را با این عنوان منتشر کرد: «خانه‌تکانی در دولت: نوبخت می‌رود.»