طرح اجرای برنامه جامع اقدام مشترک، یک‌روز پس از تصویب در مجلس به تایید شورای نگهبان نیز رسید. هم‌زمان، دفتر خامنه‌ای نقش مستقل اعضای بیت رهبری در روند تصویب برجام را تکذیب کرد.
شورای نگهبان از صبح چهارشنبه ۲۲ مهرماه برای بررسی طرح اجرای برجام جلسه گذاشت و در پایان این روز اعلام کرد که آن را «مغایر با قوانین شرع و قانون اساسی» نمی‌داند.
نجات‌الله ابراهیمیان، سخنگوی شورای نگهبان در این‌باره گفت: «بعضی اعضا ایرادهایی را مطرح کردند که مورد قبول اکثریت قرار نگرفت و این طرح به تصویب رسید.»
سه‌شنبه ۲۱مهر، سخنگوی شورای نگهبان گفته بود که احتمالاً جلسه فوق‌العاده‌ای برای بررسی طرح برجام در شورا برگزار خواهد شد.
طرح اجرای برجام در جلسه علنی روز سه‌شنبه ۲۱ مهرماه مجلس ۱۶۱ رأی تصویب شد. کلیات این طرح نیز روز یکشنبه ۱۹ مهر به تصویب رسیده بود. بدین ترتیب مسئولان حکومتی ایران در چهار روز به مناقشه‌ها بر سر این طرح پایان دادند.
بیشتر بخوانید: جزئیات طرح برجام به تصویب مجلس ایران رسید
نمایندگان مخالف این طرح، روز سه‌شنبه قصد داشتند دست‌کم ۱۷۲ پیشنهاد را برای حذف یا اصلاح طرح اجرای برجام مطرح کنند اما علی لاریجانی، رئیس مجلس این اجازه را به آن‌ها نداد و تنها دو پیشنهاد مطرح شد. موافقان برجام می‌گفتند مخالفان با طرح انبوه پیشنهادها قصد داشتند در تصویب این طرح وقفه ایجاد کنند.
برپایه طرح اجرای برجام، دولت در صورتی می‌تواند به شکل داوطلبانه آن را اجرا کند که از جمله مواردی همچون تجدیدنظر در اجرای آن در صورت فشار و تهدید طرف مقابل و عدم پایبندی به لغو تحریم‌ها؛ حفاظت از اصرار و اطلاعات حوزه نظامی و امنیتی؛ عدم دسترسی نظارتی آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به مراکز نظامی ایران؛ و جلوگیری از «نفوذ یا سوء استفاده سیاسی، اقتصادی، فرهنگی و امنیتی» آمریکا و دولت‌های خارجی در داخل کشور را رعایت کند.
شورای نگهبان گفته است که با اجرای این طرح، قانون‌های پیش از آن که دولت را نسبت به برخی از مسائل مربوط به برنامه هسته‌ای موظف می‌کرد لغو می‌شوند. از جمله قانون الزام دولت به تعلیق اقدامات داوطلبانه در صورت ارجاع یا گزارش روند هسته‌ای به شورای امنیت، مصوب یکم آذرماه ۱۳۸۴، قانون الزام دولت به تجدیدنظر در همکاری با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، مصوب ششم دی‌ماه ۱۳۸۵، قانون صیانت از دستاوردهای صلح‌آمیز هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران، مصوب ۲۹ تیرماه ۱۳۸۹ و قانون الزام دولت به حفظ دستاوردها و حقوق هسته‌ای، مصوب دوم تیرماه ۱۳۹۴.
دفتر خامنه‌ای تکذیب کرد
ساعاتی پس از خبر تایید برجام از سوی شورای نگهبان، دفتر خامنه‌ای با صدور یک اطلاعیه، اخبار مبنی بر نقش مستقل برخی از مسئولان دفتر او در روند بررسی طرح «اقدام متناسب و متقابل جمهوری اسلامی در اجرای برجام» را خلاف واقع خواند. در این اطلاعیه تاکید شده که مواضع رهبر ایران در سخنرانی‌های او به صورت صریح، شفاف و دقیق اعلام شده و می‌شود.
در روز رای‌گیری طرح برجام در مجلس، برخی نمایندگان عنوان کردند شب قبل، علی اصغر حجازی از اعضای ارشد بیت خامنه‌ای با علی لاریجانی رئیس مجلس و علی شمخانی، دبیر شورایعالی امنیت ملی جلسه داشته و قرار بر تصویب طرح است. مهدی کوچک‌زاده، نماینده جنجالی و اصولگرای تهران از جمله، کاغذی را به دست گرفت که روی آن نوشته شده بود: «مجلس از تصمیم لاریجانی و شمخانی و حجازی تبعیت کرد، ما نکردیم.»
کوچک‌زاده شامگاه چهارشنبه ۲۲ مهر در اینستاگرام، موضوع را به «ادعای باهنر مبنی بر تشکیل جلسه سه نفره» نسبت داد و نوشت این ادعا در آرای نمایندگان (برای رای مثبت به طرح برجام) تاثیر گذاشت. باهنر، نایب رئیس فراکسیون اصولگرایان مجلس نهم است.
بیشتر بخوانید: بازی دوگانه خامنه‌ای در عبور برجام از مجلس