طرح شفافیت قوای سه گانه که شورای نگهبان چند ماده آن را مغایر با اصل ۱۱۰ و ۱۱۲ قانون اساسی دانسته بود، سرانجام در مجمع تشخیص مصلحت نظام تصویب شد اما در نسخه نهایی آن مجمع تشخیص مصلحت نظام از شمول این قانون خارج شده است. محمدصالح جوکار، رئیس کمیسیون شوراها و امور داخلی مجلس گفت بر اساس مصوبه مجمع، «مجمع تشخیص مصلحت و هیئت عالی نظارت در مواردی که بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان اختلاف باشد و مورد اختلافی به مجمع تشخیص ارجاع شود، الزامی به شفافیت در مذاکرات خود ندارد.». به گفته او «اشکالی که شورای نگهبان به ماده سه طرح مصوب مجلس گرفته بود گرفته بود مبتنی بر اصل ۱۱۰ و ۱۱۲ قانون اساسی بود که شفافیت مذاکرات و رای مجمع تشخیص مصلحت نظام را مغایر با این اصول قانون اساسی تشخیص داده بودند.»