تپه زاغه را اولین بار عزت‌الله نگهبان، استاد باستان‌شناسی دانشگاه تهران حفاری کرد. او در آنجا ۲۱ خانه خشتی یافت که قدمت آنها به هزاره ششم و هفتم پیش از میلاد باز می‌گردد. نگهبان و تیمش به این نتیجه رسیدند که تپه زاغه محل سکونت یکی از اجتماعات کشاورزی اولین در ایران بوده است. دیوارهای سازه‌های تپه زاغه خشتی و سقف خانه‌ها تیره‌های چوبی بوده است.
