در حالی که مقام‌های قضايی ايران می‌گويند محمدشريف ملک‌زاده، معاون پيشين وزارت خارجه اين کشور از سوی آيت‌الله علی خامنه‌ای، رهبر جمهوری اسلامی “عفو” شده اما يک عضو دفتر رئيس‌جمهور ايران اين گفته را رد کرده است.
محمدجعفر بهداد، معاون سياسی دفتر رئيس‌جمهور ايران روز دوشنبه ۱۸ ارديبهشت ۱۳۹۱ در روزنامه ايران نوشت: “محمدشريف ملک‌زاده از جمله افرادی بود که در مسير اجرای پروژه برخورد با احمدی‌نژاد و به بهانه‌های کاملاً مضحک مورد برخوردهای غيرمتعارف قرار گرفت و عناصر رسانه‌ای يک شبکه محفلی نيز در اتهام‌زنی و مجرم‌نمايی وی از هيچ کوششی فروگذار نکردند.”
وی افزود: “اما به‌رغم همه اين تلاش‌ها، افراد متقی و مستقل رسيدگی کننده به پرونده، در مرحله قبل از دادگاه وی را بی‌گناه تشخيص دادند و بدين ترتيب منع تعقيب آقای ملک‌زاده صادر شد. با اين وصف ادعای برخی محافل رسانه‌ای مبنی بر «عفو» نامبرده، فقط نشانه بی‌اطلاعی نسبت به مسائل حقوقی است، زيرا «عفو» صرفاً پس از محکوميت معنا پيدا می‌کند حال آن که متهم اين پرونده حکم محکوميتی نگرفته و اصولاً کيفرخواستی عليه او صادر نشده است.”
عباس جعفری دولت‌آبادی، دادستان تهران روز يکشنبه ۱۷ ارديبهشت گفته بود: “پرونده محمدشريف ملک‌زاده با صدور کيفر خواست در آستانه ارسال به دادگاه بود، که با توجه به گزارش‌هايی که به رهبری رسيده، مورد عفو نظام و رأفت رهبری قرار گرفت.”
محمدجعفر بهداد: ادعای برخی محافل رسانه‌ای مبنی بر عفو نامبرده (ملک‌زاده)، فقط نشانه بی‌اطلاعی نسبت به مسائل حقوقی است، زيرا عفو صرفاً پس از محکوميت معنا پيدا می‌کند حال آن که متهم اين پرونده حکم محکوميتی نگرفته و اصولاً کيفرخواستی عليه او صادر نشده است
همچنين غلام‌حسين محسنی اژه‌ای، دادستان کل و سخنگوی قضائيه ايران نيز گفته است ملک‌زاده از سوی آيت‌الله خامنه‌ای مورد عفو قرار گرفته است.
منتقدان دولت ايران از ملک‌زاده به عنوان عضو “جريان انحرافی” نام می‌بردند. “جريان انحرافی” توصيفی است که اصول‌گرايان منتقد دولت درباره اسفنديار رحيم مشايی و هم‌فکران وی به کار می‌برند.
بر پايه همين اتهام، ملک‌زاده سال گذشته بازداشت شد. وی چند روز پس از آن بازداشت شد که از سوی علی‌اکبر صالحی، وزير خارجه ايران به عنوان معاون مالی و ادارای اين وزارت‌خانه منصوب گرديد.
با اين حال ملک‌زاده پيش از آنکه بازداشت شود با فشار نمايندگان مجلس و تهديد به استيضاح صالحی، از سمتش در وزارت خارجه استعفا کرد.
ملک‌زاده در هفته‌های اخير از سوی محمود احمدی‌نژاد، رئيس‌جمهور ايران و آيت‌الله محمود هاشمی شاهرودی، رئيس هيأت عالی حل اختلاف و تنظيم روابط قوای سه گانه به عنوان مشاور منصوب شده است.